非婚生子女由谁直接抚养应当由双方协商确定,如果双方无法协商一致的,协商不成的,可以向人民法院起诉,人民法院会根据最有利于未成年子女的原则和双方的具体情况判决。法院按照以下原则进行判决:
1、不满两周岁的子女,以由母亲直接抚养为原则。
2、已满两周岁的子女,父母双方对抚养问题协议不成的,由人民法院根据双方的具体情况,按照最有利于未成年子女的原则判决。
3、子女已满八周岁的,应当尊重其真实意愿。
法律依据:
《民法典》第一千零七十一条,非婚生子女享有与婚生子女同等的权利,任何组织或者个人不得加以危害和歧视。
不直接抚养非婚生子女的生父或者生母,应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。