公司企业虚开发票的处罚是:基准刑为有期徒刑六个月;虚开的税款数额每增加3000元或实际被骗取的税款数额每增加1500元，刑期增加一个月。虚开增值税专用发票税款数额10万元或使国家税款被骗取5万元的，或有其他严重情节的，基准刑为有期徒刑三年;虚开的税款数额每增加6000元刑期增加一个月。
【三年以下有期徒刑、拘役量刑格】虚开增值税专用发票税款数额1万元或使国家税款被骗取5000元的，基准刑为有期徒刑六个月;虚开的税款数额每增加3 000元或实际被骗取的税款数额每增加1500元，刑期增加一个月。
虚开增值税专用发票税款数额不满1万元或使国家税款被骗取不满5000元的，情节严重的，可以本罪论处，基准刑为拘役刑。
【三年以上十年以下有期徒刑量刑格】虚开增值税专用发票税款数额10万元或使国家税款被骗取5万元的，或有其他严重情节的，基准刑为有期徒刑三年;虚开的税款数额每增加6 000元或实际被骗取的税款数额每增加3 000元，刑期增加一个月。
【十年以上有期徒刑量刑格】虚开增值税专用发票税款数额50万元或使国家税款被骗取30万元的，基准刑为有期徒刑十年;虚开的税款数额每增加1万元或实际被骗取的税款数额每增加5 000元，刑期增加一个月。
二、司法解释
根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开行为之一的，违反有关规范，使国家造成损失的行为。
增值税是我国1994年开始全面实施的新税种，它对于减少税收环节，合理征税，促进税收具有十分重要的意义。由于近年来，虚开增值税专用发票的犯罪活动十分猖獗，审判实践中，对虚开增值税专用发票罪的认定存在诸多问题。
公司企业虚开发票的行为，在一定程序是构成了逃税的行为，需要按照相关法律规定进行处理，此外如果公司企业存在偷税漏税逃税等行为的，是需要对公司的法人进行惩罚的，但涉及到共犯是可以从轻处罚的，当事人能够证明对相关逃税情况不知情的，则是可以免予处罚的。
