法律解析：
第一，举报。比如消费者在外就餐，向商家索要发票，但商家以各种名目理由不予以开具，消费者向当地税务机关举报，税务机关就怀疑企业在税收上面可能有文章;另外就是财务在公司有不愉快的经历，离职之后举报公司的偷漏税行为;再者就是竞争对手甚至是合作伙伴，只要有发现企业有任何税收上面动手脚的蛛丝马迹，都向税务局举报。竞争对手举报等等，这个大家都懂不需要多说，这个主要针对的是中小企业。
第二，查上下游企业的时候连带查出问题。比如现在税务局大力度查杀虚开增值税专用发票的企业，连带就可以查到受票方，不论是不知情者还是可以接受虚开的专票，都有虚假抵扣的风险，这时候就成为税务机关重点稽查对象了;另外，税务机关在查某家生产型企业偷漏税证据时，与之相关联的公司，比如原材料提供商，销售对象，都将成为检查举证对象，间接地也接受了税务机关的稽查。
第三，系统比对。这个目前是税务局最常用的方式。比如去年上线全国各地税务机关相继运用起来的近金税三期系统，还有各地税务机关根据当地税务情况自行研发的信息系统，会根据企业的各类报表信息分析出税务疑点，系统中涉及了成百上千的风险点，一旦分析出企业税务上有疑点就给出预警。比如，一个工业企业水电费用常年居高不下，利润表上却显示接连的亏损，系统就会提醒税务机关去查一下，因为正常企业如果亏损的话，工厂会减产甚至提供，不可能常年高额水电费。
【法律依据】：
《中华人民共和国刑法》
第二百零一条 纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，数额较大的，依照前款的规定处罚。对多次实施前两款行为，未经处理的，按照累计数额计算。有第一款行为，经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。
第二百零三条 纳税人欠缴应纳税款，采取转移或者隐匿财产的手段，致使税务机关无法追缴欠缴的税款，数额在一万元以上不满十万元的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处欠缴税款一倍以上五倍以下罚金；数额在十万元以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处欠缴税款一倍以上五倍以下罚金。
