1、拆迁的原因不同：
依照《民法典》之规定，所有权人对房屋享有占有、使用、收益等权能，但是由于其依附的土地性质不同，拆迁过程中有很大的差异。
拆迁项目开展的原因不同：
国有土地上房屋拆迁的原因可以基于公共利益的需要，由政府部门组织征收后统一进行拆除;也可以基于商业开发，由开发商与被拆迁人达成一致后拆除。为公共利益拆迁的情况下，拆迁人必须在个人利益和国家利益之间做出取舍，一旦政府给予合理补偿，被拆迁人就必须搬迁。商业拆迁的情况下，被拆迁人则享有更大的自主权。
集体土地上房屋拆迁(征地拆迁)则应当基于公共利益之需要，在依法定程序得到相关部门的批准后，将集体土地征收为国有土地，给予被征收人合理补偿后，才能进行拆除。
2、适用的法律不同。
国有土地上房屋拆迁的主体、程序、补偿等问题均应当适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》;集体土地上房屋拆迁主要适用《土地管理法》及《土地管理法实施条例》，上述法律、法规没有具体规定的，可以参照适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》。
3、批准部门不同。
为公共利益的目的，确需征收国有土地上房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定。集体土地上房屋拆迁则需要由国务院、省自治区以及直辖市人民政府作出土地征收的批复
4、补偿标准不同。
国有土地上房屋拆迁所给予的补偿以房屋评估价值为依据，而评估价值必须由有资质的评估公司依据房屋的市场价值确定。除考虑房屋构造、面积、建造的时间外，房屋所在的地理位置、用途等因素对房屋价值的影响更大。集体土地上房屋拆迁的补偿费用主要包括土地使用权的补偿和房屋本身的补偿。对房屋的补偿一般仅以重置成本为标准，与国有土地上房屋相比，其获得的补偿数额要低的多。
5、实施部门不同。
国有土地上房屋拆迁由县级以上人民政府组织相关部门实施，一般由住建局承办相关事项;集体土地上房屋拆迁也由县级以上人民政府组织实施，但一般由国土资源局负责具体实施。
6、强制执行程序不同。
国有土地上房屋拆迁过程中，被拆迁人与拆迁人在征收补偿方案确定的期限内达不成补偿协议时，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当按照征收补偿方案作出补偿决定，在征收范围内予以公告。被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，又不在规定期限内搬迁的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当依法申请人民法院强制执行。集体土地上房屋的强制拆除一般由国土资源部门作出《责令交出土地决定》后，向法院申请强制拆除。
