法律分析：一、买100万的商铺要交多少税费
商铺卖100万要缴纳买卖合同差价的5.65%营业税及附加，分为不同的档次计算：小于等于50%，税率为30%；大于50%小于等于100%，税率为40%；大于100%小于等于200%，税率为50%；大于200%，税率60%。
同时在扣除了营业税和土地增值税后，剩余的净利润再按照20%征收所得税，具体税种为：
1、个人所得税：(评估价-原价)*20%或评估价*3%。
2、营业税：(评估价-原价)*5.5%或评估价*5.5%。
3、土地增值税：(评估价-原价)*30%至60%或评估价*30%至60%。
法律依据：《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第七条 土地增值税实行四级超率累进税率：
增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%。
增值额超过扣除项目金额50%、未超过扣除项目金额100%的部分，税率为40%。
增值额超过扣除项目金额100%、未超过扣除项目金额200%的部分，税率为50%。
增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条 增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：
1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；
2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；
3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；
4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；
5.国务院规定的其他货物。
（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。
（四）纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。
（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。
税率的调整，由国务院决定。
《中华人民共和国个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
二、商铺买卖流程是怎么样的
1、需要确定转让人的身份，看他是否是店面房屋的产权者，如果超市商铺经营者就是房屋产权者者，首先要查看店面的产权证明、营业执照、卫生许可证等其他相关证件是否齐全，并初步咨询转让价格及房屋的租金情况。
2、若有意接手，双方可洽谈超市商铺租金及店面经营设备、装修等转让项目的具体价格。若谈定则可预付一定数量的定金，以保证优先接手店面的权利，定金收取方出具定金收条，收条要写清时间、金额、定金的用途等具体内容。双方签订《超市商铺转让协议》及《房屋租赁合同》，从而约定双方具体的权利与义务。
3、合同签署完毕，按合同约定方式结付转让费用。转让方有义务协助接手方进行过户变更手续，因此接手方要及时凭签订合同及其他所需证件到工商部门办理好更名登记手续，以确定经营的合法性。
4、如果超市商铺经营者也是承租人，则必须查看其与房屋产权人所签订的原始合同，并检查其是否有转让（转租）权；签订合同时要三方同时在场并签字证明。
三、业主在卖商铺的时候需要注意哪些问题
1、客户的购买能力。首先了解客户是否能够全款购房，如果客户是贷款购房，客户资质是否有问题必须落实，以免签定购房合同之后贷款不能按时到位从而造成买房纠纷。
2、支付订金后的违约责任及违约罚则。支付订金之后的违约情况时有发生，所以支付订金后签定的订金收付合同中必须要明确违约责任和违约罚则。
法律依据：《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条 增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：
1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；
2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；
3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；
4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；
5.国务院规定的其他货物。
（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。
（四）纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。
（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。
税率的调整，由国务院决定。
