农村合作医疗最高报销封顶线是每人每年各次住院补偿累计最高限额6万元。报销的比例是根据各级定点医院机构的不同补偿的：
1、乡级定点医院报销比例是70%；
2、县级定点医院报销比例是60%；
3、市级定点医院报销比例是35%；
4、省级、含省外定点医院报销比例为35%。
农村医疗保险报销流程：
1、由门诊医生或住院部医生诊断，开具住院证；
2、持农合证到住院收费窗口缴费并做网络登记；
3、持住院证，缴款单到住院登记窗口登记，领取病历表及用品；
4、到对口专科进行住院检查、治疗；
5、出院时找自己的主管医师开具出院证、诊断证、住院者身份核对单；
6、持个人缴款单到出院结算窗口办出院手续；
7、持出院结算票据到所住科室护士站交出结算联，取回床位押金条，清点好床单元等物品，再到出院结算处取出结算发票，领回床位押金，到打印处打出清单汇总表；
8、凭结算发票单，农合证、身份证和户口簿原件及复印件，诊断证、住院者身份核对单、住院费用汇总清单到农合直补窗口报销，领取补助款。
法律依据：《中华人民共和国社会保障卡管理办法》第六条
发行社会保障卡的地区应建立规范的人力资源社会保障业务流程，各项业务间具有较强的综合协调性，能够保证社会保障卡的有效应用。同时，还应具备以下技术条件：
（一）建立为社会保障卡应用提供后台支持的业务管理系统、数据库和适于用卡方式的信息网络；
（二）具备支持社会保障卡管理和应用的技术力量，包括人员、设备等，能够快速完成社会保障卡应用的系统布局；
（三）制定规范可行的实施方案，包括应用设计方案、费用解决方案、信息采集方案和具体发行方案等；
（四）建立科学完善的社会保障卡发行、管理制度和明确的内部控制程序，并制定应对突发事件的预案；
（五）人力资源社会保障部规定的其他条件。
