自2013年8月1日起，交通运输业和部分现代服务业在全国开始实施“营改增”试点，技术转让属于部分现代服务业中的研发和技术服务，2013年8月1日后由营业税改征增值税。因此，“营改增”后，案例中的香港科技公司取得的技术转让收入在我国缴纳企业所得税的计算形式会有所变化。“营改增”前，以全额收入100万元作为应纳税所得额，缴纳企业所得税10万元(100万元*10%);“营改增”后，根据《国家税务总局关于营业税改征增值税试点中非居民企业缴纳企业所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告〔2013〕9号，以下简称9号公告)，营业税改征增值税试点中的非居民企业，取得《中华人民共和国企业所得税法》第三条第三款规定的所得，在计算缴纳企业所得税时，应以不含增值税的收入全额作为应纳税所得额。
所以，作为非居民企业，案例中香港公司计算企业所得税时，应将含增值税的收入转换成不含增值税收入，问题的关键在于其取得的100万元技术转让收入是否包含增值税?
业内不少人认为，既然100万元的技术转让收入，符合我国免征增值税条件且成功申请免征增值税，那么收入就不包含销项税，是零税率。笔者认为，这种判断混淆了直接免税与零税率。直接免税是一种税收优惠，免的是本环节应缴纳的增值税(销项税额扣除进项税额的差额)，并不是真正的零税率，因为购进环节企业仍承担了增值税。而零税率，是税率的一种，是对出口企业出口产品执行的增值税税率，在理论上是不含税的，出口企业在报关出口时，不仅对本环节应缴纳的增值税免征，还退还以前各环节缴纳的增值税。因此出口产品是零税率，而免征增值税并非是零税率。
至于增值税免税收入总额，是否含税?我们首先应该从增值税计算原理上分析。增值税是以商品生产流通和劳务服务各个环节的增值额为征税对象所课征的一种流转税。税款的计算形式，跟其他税种不同。增值税不直接以增值额作为计税依据，而是采用“税款扣除法”，即以商品销售或提供劳务的收入全额为计税依据，乘以税率，计算出整体税额(销项税额)，再扣除以前各个环节已纳税款(进项税额)，从而计算出应纳税额。
免征增值税，免除本环节所应缴纳的增值税，即销项税额扣除进项税额的差额。根据增值税的计算原理，免征增值税的实现，首先对购进货物或者劳务环节所缴纳的增值税实行不得抵扣，然后再对销售环节计提的销项税额免征。“一头”不允许抵扣进项税额，“另一头”所计提的销项税额免征，从而增值环节应缴纳的增值税为零，即达到免征增值税目的。因此，根据增值税计算原理和免税的计算过程，理论上免税销售仍然是含税销售，只是该销项税予以免征，但并不能说不含销项税，即免税销售收入是应该包含增值税的。
举个简单的例子，蔬菜流通环节自2012年起免征增值税，假如蔬菜批发企业在2012年以前，从农民手中购进一批蔬菜并开具农产品收购发票，收购价格800元，销售给零售商价税合计1170元。
进项税额=800*13%=104元
销项税额=1170/(1+17%)*17%=170元
应缴纳增值税=170-104=66元
自2012年起，同样一批蔬菜，购进价格仍为800元，进项税额104元，销售价格仍为1170。因实行免征增值税，进项税额104元需作转出处理，销项税额170元免征，则免征前实际应缴纳的66元增值税免于缴纳。
