有程序瑕疵的承包合同不一定会无效，只有以下情形才会导致合同无效：无民事行为能力人签订的合同无效；以虚假的意思表示签订的合同；违反法律、行政法规的强制性规定所签订的合同无效；违背公序良俗签订的合同无效；法律其他规定。
补充土地承包合同是否可以无效
根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条、第三百三十三条的规定，合同可以无效。土地承包合同自签订成立时生效，但是补充签订的土地承包合同，并非当事人真实意思表示，违反法律，行政法规的规定，违背公序良俗的，合同无效。土地承包的程序如下：1、创设取得承包经营权这种主要是指承包人与发包人通过订立承包经营合同而取得承包经营权，分为家庭承包与以招标、拍卖、公开协商等方式进行的承包。通过这两种方式承包的，都需要去签订承包合同，承包合同从成立之日起生效，承包方在合同生效时取得土地承包经营权。2、移转取得土地承包经营权是指在土地承包经营权的流转过程中，受让人通过转包、互换、转让等方式，依法从承包人手中取得土地承包经营权。这里需要注意一下地，土地承包经营权流转的期限不得超过承包期的剩余期限。要是没有经过依法批准，就不得将承包地用于非农建设。土地承包经营权人将土地承包经营权互换、转让，你要求登记的，要向县级以上地方人民政府申请土地承包经营权变更登记。要是你没有登记，不得对抗善意第三人。3、继承取得承包经营权农村土地承包法认可承包人应得的承包收益的继承，而有限地认可土地承包经营权的继承：(1)以家庭承包方式取得的林地承包经营权，承包人死亡的，其继承人可以在承包期内继续承包;(2)以招标、拍卖、公开协商等方式设立的承包经营权，承包人死亡的，其继承人可以在承包期内继续承包。
承包合同无效的情形
承包合同无效的情形：1、合同主体不具备资格；2、承包方不具备或伪造相应的营业执照和资质证书；3、越级承包；4、非法转包；5、合同的订立和履行过程违反法定程序。
合同有瑕疵是否生效
合同有瑕疵能生效。合同有瑕疵并不会影响合同的效力，在合同当事人符合主体要件、合同意思表示真实、合同内容不违反法律法规以及不违背公序良俗的情况下，合同可以依法成立并生效。当合同有瑕疵时，双方当事人可以协商后对有瑕疵的内容进行变更，或者达成补充协议进行补充说明。
合同有瑕疵是否生效
合同有小瑕疵，也是可以生效的。我国法律规定，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
土地承包合同的无效情形
有下列情形之一的，土地承包合同无效：
(1)一方以欺诈、胁迫的手段订立土地承包合同，损害国家利益的;
(2)恶意串通，损害国爱、集体或者第三人利益的;
(3)以合法形式掩盖非法目的的;
(4)损害社会公共利益的;
(5)违反了不得收回、调整承包地等相关法律法规规定的。
