个体户年度汇算清缴的操作是：
1、打开个人独资或合伙人企业、个体工商户企业的自然人税收管理系统客户端。
2、通过“生产经营”按钮进行切换界面，切换到生产经营模块。
3、在生产经营的界面中，先点击“核定信息”中“征收方式”中查看企业申报时间是按月还是按季，以及企业征收方式。生产经营所得的个人所得税申报是按月或季进行预缴年度汇算清缴，生产经营的汇算清缴时间为每年的1月1日至3月31日。
4、点击“预缴纳税申报”进行生产经营的预缴申报，核定征收填写当年的累计收入；查帐征收填写当年的累计收入、成本、利润等。
5、填写完成后点击“保存”，进行一下步操作网上申报，点网上申报。
6、点击“发送申报”将申报数据发送税局，点击“获取反馈”获取申报的结果。如查申报成功就可进行税款缴纳。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》
第十条
有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：
（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；
（二）取得应税所得没有扣缴义务人；
（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外注销中国户籍；
（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
（七）国务院规定的其他情形。
扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。
