法律分析：一些商业企业(如超市等)不是依据发票计算收入的,所以是不是偷税不一定,但肯定违反《发票管理办法》。
税务局发现偷漏税的手段主要有三种：
第一种是举报。比如消费者举报不开发票，还有离职的财务举报(很大比例)、竞争对手举报等等，这个大家都懂不需要多说，这个主要针对的是中小企业。
第二种是查上下游企业的时候连带查出问题的。比如查到虚开发票的企业，接受虚开的抵扣方就肯定有问题，无非是主观故意还是不知情的区别，不知情的要做进项转出，故意的可能要坐牢;还有就是查关联公司的时候，很可能整个集团存在筹划偷漏税的情况，那就一锅端。
第三种是目前税务局最常用的，系统比对。我们国税局有一个风险识别系统，会自动根据企业的各类报表(增值税、所得税、会计报表等)的信息分析疑点。打个比方，如果一个工业企业常年水电耗费很高却始终保持亏损，就是一种反常现象(因为亏损工厂一般都要减产甚至停工)，就会提醒我们税务局要去查一下;还有发票系统未来彻底完善后，每一张专用发票都要走系统，查起来就容易得多，比如企业如果买了很多烟酒之类的非生产经营用的东西，系统就会怀疑企业增值税和所得税是不是多抵扣了进项或扣除了费用。这个系统非常复杂，里面涉及几百个风险点的设计。在国际税收这一块，风险提示就更多了，关联交易定价、转让费率变动、商标价格、是否符合同期资料资格、是否利用避税胜地开空壳公司避税之类的，系统都能查出来。
值得一提的是，系统比对主要约束的是大企业尤其是上市公司，因为大企业的汇算清缴和同期资料都是事务所帮忙出具的，相对来说数据真实性高一些，系统分析也有意义。肯定有人会问，那如果原始数据都不真实，那税务局的系统是不是就查不出来?一般情况下，企业很难全面作假，比如某企业号称自己年年亏损好几个亿交不出税就要倒闭了，结果根据水电费可以推算出来他们每年都在扩大再生产，这就是一个自相矛盾的点。但确实有一些企业，能够很高明的把账面数据做到查不出大把柄，这时候就要考验税务局工作人员的技巧了。
