公安局代持股权合同诈骗的立案程序是:首先报案,公安机关判断是否进行立案。公安机关对于报案的材料,应当按照管辖范围,迅速进行审查,认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候,应当立案;认为没有犯罪事实,或犯罪事实显着轻微,不需要追究刑事责任的时候,不予立案,并且将不立案的原因通知控告人。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第一百一十二条,人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料,应当按照管辖范围,迅速进行审查,认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候,应当立案;认为没有犯罪事实,或者犯罪事实显着轻微,不需要追究刑事责任的时候,不予立案,并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服,可以申请复议。