个人独资企业转让给公司的程序如下：
1、签订转让协议；
2、到工商局申请办理变更登记；
3、填写变更登记申请书；
4、提交转让协议、受让人身份证明等相关材料。
一、申请变更登记的条件
（一）如果同行业在成立日期不满一年不能变更公司名称；
（二）如果超过一年或夸行业需带上盖章后的营业执照副本、全体股东签署的章程修改案、股东会决议、名称变更申请书、委托书到工商核名窗口进行名称变更查询，查无重名工商局会发放企业名称变更核准通知书；
（三）凭名称变更核准通知书原件、章程修改案原件、股东会决议原件、法人身份证复印件、营业执照正副本原件、申请表到工商进行变更登记换发新的营业执照；
（四）取到变更后的营业执照副本原件、法人身份证原件、名称变更通知书复印件、情况说明原件、变更前的公、财章到公安局申请换刻新的公、财章并销毁旧章；
（五）带上新公章、名称变更核准通知局复印件和变更前的组织机构代码证原件到质检局申请更换新的组织机构代码证；
（六）变更后营业执照副本复印件、组织机构代码证复印件、名称变更通知书复印件、法人身份证复印件、章程修改案复印件、股东会决议复印件、税务登记证正副本原件、公章、税务变更申请表(税表需找专管员签字盖章)到税务局申请新的税务登记证。
二、申请变更需提交的材料
（一）投资人签署的变更登记申请书；
（二）根据变更的事项，提交相应的文件：
1、 名称变更：需提交企业名称预先核准通知书；
2、 住所变更：需提交租房协议、产权证明、居改非证明；
3、 出资额和出资方式变更：
（1）出资方式一般是由个人财产出资变更为家庭共有财产出资的，需要由全体家庭成员在《个人独资企业变更登记申请书》上签名；
（2）出资方式是由家庭共有财产变更为个人财产出资的，则应该登报公告。
4、 投资人变更：
（1）转让协议以及继承文件；
（2）新投资人户籍的证明、身份证明（参照开业部分）；法律以及行政法规规定投资人变更必须要报经有关部门批准的，然后在提交有关部门的批准文件；
5、 经营范围变更：经营范围涉及法律法规规定必须报经审批项目的，提交有关部门的批准文件；
（三）如果委托他人代理的话，应该提交投资人的委托书以及代理机构的营业执照复印件、代理人的资质证书。
（四）营业执照。
法律依据：
《中华人民共和国个人独资企业法》第二条 本法所称个人独资企业，是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。
