刑事案件证据不足又拒不认罪的，司法机关可以要求公安机关进行补充侦查，并对相关违法事实和证据进行调查取证，如果后期发现还是证据不足的，应当作出不起诉的决定，具体情况结合实际而定。
犯罪嫌疑人不认罪的，并且犯罪证据不足的，侦查机关可以补充侦查，如果补充侦查后证据还是不足的，作出不起诉决定。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
二、证据不足认定方法
1、个别判断，逐个审查。即要对案件的每一个证据的证据力和证明力加以确定，紧紧抓住判断每一个证据的标准，也就是客观性，关联性和合法性这项标准，加以权衡，不符合标准的应视为证据不足;
2、运用比较、鉴别、分析的方法，进行综合判断，排除矛盾，凡是矛盾没有得到排除，即可视为证据不足;根据制作书证的主体可以分为公文书和私文书。公文书是指国家机关、企事业单位和社会团体在其权限范围内制作的文书。私文书是指公民个人制作文书。根据书证的制作方式和来源的不同，将书证分为原本、副本、复制件。原本是指文件制作人最初制作的文件照原本全文抄录、印刷而具有原本效力的文件，称为副本复制件是指将原件进行复制。
3、实物检验的方法，又称实物验证法则。按照唯物主义的基本立场和观点，案件中所有的言词证据，都要有实物证据验证，作到言之有物，即使没有收集到实物证据，也要把各种言词证据中所涉及到的人、财、物的来源和去向加以说明。
有关证据的合法性是证明犯罪分子的犯罪事实重新情况，相关事项的处理上，是需要司法机关在进行充分的调查研究后得出的，如果对相关情况的认定不清楚的，或者证据不足的，那么是无法作出合法的判决处理的，
具体情况结合实际而定。
