深圳土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，依照规定税额计算征收。计算公式为：年应纳税额＝实际占用的土地面积（平方米）×每平方米年税额。（纳税人实际占用的土地面积，是指由省、自治区、直辖市人民政府确定的单位组织测定的土地面积。尚未组织测量，但纳税人持有政府部门核发的土地使用证书的，以证书确认的土地面积为准；尚未核发土地使用证书的，应由纳税人据实申报土地面积，待核发土地使用证书后，按证书记载的面积进行调整。）
土地使用税按年计算，分两期缴纳，申报纳税期限为每年的6月1日至15日以及12月1日至15日;选择一次性缴纳全年税款的，申报纳税期限为每年的6月1日至15日。
计算实地占用面积时，两层以上的房屋，纳税人可按土地使用证书、房产证上记载的用地面积;土地使用费登记证(或通知书)上记载的征收面积;相关的房地产权属资料、合同记载的用地面积;建筑面积/楼总层数;建筑面积/容积率等方式确定征税面积。（对于两层以上的建筑，纳税人计算土地使用税所依据的实际占地面积按照以下顺序确定：
1、土地使用权证书、房地产证上记载的用地面积或相关的房地产权属资料、合同记载的用地面积；
2、建筑面积÷容积率
3、建筑面积÷建筑总层数(不含地下)
在缴纳地点上，深圳市内的企业所在地和土地所在地分别位于市内不同行政区划的，均向企业所在地的地方税务机关申报城镇土地使用税减免以及纳税。
我们知道，土地使用税的课税对象是纳税人占用土地的面积。而深圳土地使用税计算方法等于土地总面积和单位税费的乘积，这就是土地使用税费的总额。关键就是确定实际占用的土地面积。我国依法征收土地使用税，促进有利于增加地方的财政收入，还可以完善税制，并且促进土地使用的节约、合理，从而提高土地的使用效益。
