购买农产品的增值税抵扣方式如下：
1、计算抵扣，凭农产品收购发票、销售发票、国税通用机打发票上注明的价款按13%扣除率计算抵扣；
2、凭票抵扣，凭增值税专用发票上的税额抵扣进项。
增值税是对销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人就其实现的增值额征收的一个税种。增值税抵扣，应交的税费=销项税减进项税。
下列项目免征增值税：
1、农业生产者销售的自产农产品；
2、避孕药品和用具；
3、古旧图书；
4、直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备；
5、外国政府、国际组织无偿援助的进口物资和设备；
6、由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品；
7、销售的自己使用过的物品。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第八条
纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：
进项税额=买价乘扣除率
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。第十条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产；
（二）非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、劳务和交通运输服务；
（四）国务院规定的其他项目。
