法律分析：一、借款协议书盖财务专用章有效吗
1、依据民法典的规定,借款协议是属于合同,所以借款协议应该加盖公司的合同章或者公司的公章,如果加盖财务章,借款协议是不生效的。
二、发生借款合同纠纷起诉谁
1、借款同时有保证人的保证人是共同被告;
2、行为人以他人名义借款的，借款人知道行为人同时也知道借款人的，应以行为人和借款人为共同被告;
3、“私贷公用”情况下当事人的确定。实践中有些地方出现“私贷公用”的情况，所谓“私借公用”是有的“公”即企业，由于已经有逾期贷款未还等原因而不能贷款，于是便由个人或私营企业以自己名义代为贷款，所贷款项由企业使用。这就是所谓“私贷公用”。私贷公用以民法典的规定，应该属于委托关系。在这种情况下，出借人为原告没有异议。如何列被告，应考虑以下情况：
(1)出借人不知道贷款人是企业，贷款后贷款人也未披露企业用款情况，企业也未主动介入还款事宜的，应以借款人为被告;
(2)贷款后借款人披露了实际用款人，出借人选择借款人为相对人主张权利，仍然应列借款人为被告;
(3)在上述情况下，如果出借人选择用款人为被告，可以用款企业为被告。如出借人坚持以借款和用款人为共同被告，法院也应允许，因为出借人有形式上的诉权。
4、借款单位或者担保单位发生了变化，如合并、分立、改制、破产等，原告起诉谁，包括与该企业有关系的单位如上级主管部门或母公司，即列为被告。
法律依据：《民法典》第四百九十条当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
