一、如果检察院不起诉是否有案底
1、仍会有本应的案底记载。简单说来就是如果检察机关认为犯罪嫌疑人本身不构成犯罪而不予起诉的就不会留下案底，但是如果检察机关是因为犯罪嫌疑人为了犯罪事实但由于某些原因而没有提起诉讼的就会留下案底。
2、法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条，规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。简单说来就是如果检察机关认为犯罪嫌疑人本身不构成犯罪而不予起诉的就不会留下案底，但是如果检察机关是因为犯罪嫌疑人为了犯罪事实但由于某些原因而没有提起诉讼的就会留下案底。仔细想想确实也应该这样，案底本来就是对犯罪行为的一个记录，因此一旦犯罪嫌疑人为了犯罪行为就应当留下案底。
二、检察院同案起诉不起诉的情形
人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。犯罪嫌疑人有刑事诉讼法规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。刑事诉讼法第十六条规定了以下几种情形：
第一，情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。
第二，犯罪已过追诉时效期限的。
第三，经特赦令免除刑罚的。
第四，犯罪嫌疑人、被告人死亡的。
第五，其他法律规定免予追究刑事责任的。
