律师分析：
收购公司以后按照协议中的约定进行偿还。通常情况之下，收购方会和原来的股东在股权的收购协议当中约定：基准日以前的债务将由原来的股东承担，基准日以后的债务将由新股东即收购方进行偿还。这种约定，实际上是被收购公司把自己的债务转让给了原来股东或者是新的股东，也就是一份债务转让协议。
【法律依据】：
《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》
第三十一条 企业吸收合并后，被兼并企业的债务应当由兼并方承担。
第三十二条 企业进行吸收合并时，参照公司法的有关规定，公告通知了债权人。企业吸收合并后，债权人就被兼并企业原资产管理人(出资人)隐瞒或者遗漏的企业债务起诉兼并方的，如债权人在公告期内申报过该笔债权，兼并方在承担民事责任后，可再行向被兼并企业原资产管理人(出资人)追偿。如债权人在公告期内未申报过该笔债权，则兼并方不承担民事责任。人民法院可告知债权人另行起诉被兼并企业原资产管理人(出资人)。
第三十三条 企业新设合并后，被兼并企业的债务由新设合并后的企业法人承担。
第三十四条 企业吸收合并或新设合并后，被兼并企业应当办理而未办理工商注销登记，债权人起诉被兼并企业的，人民法院应当根据企业兼并后的具体情况，告知债权人追加责任主体，并判令责任主体承担民事责任。
