不在一个户口本上根据以下方法证明父子关系：
1、不在一个户口本上，要证明父子关系，可以开出证实父子关系的证明，按照公安户籍管理规定，去村或者居委开出证实父子关系证明，凭证明带上户口本到户口所在地派出所出意见，加盖派出所公章；
2、居民户口簿是我国公民的重要证件，在上学、结婚、领取护照、以及办理很多重要事情时均需使用；
3、居民户口簿具有证明公民身份状况以及家庭成员间相互关系的法律效力，是户口登记机关进行户籍调查、核对的主要依据。户口登记机关工作人员进行户籍调查、核对时，户主或本户成员应主动交验居民户口簿。
公民在办理相关社会事务时，无法用法定身份证件证明的事项，需要公安派出所开具相关证明的，由公安派出所根据具体情况予以办理。主要包括：
1、亲属关系证明。
曾经同户人员间的亲属关系，历史户籍档案等能够反映，需要开具证明的，公安派出所在核实后应当出具；
2、亲属关系重复并存
亲属关系的重复，又称亲属关系的并存，指有亲属关系的两人之间，同时存在两种或两种以上不同的亲属关系。这主要因婚姻或法律拟制而形成。如在一些不禁止中表婚的国家，表亲结婚后可同时存在配偶和旁系血亲的关系。
各国法律无明文规定。传统的亲属法理论认为，在亲属关系并存时，采取“一关系不为另一关系吸收或排斥”的原则，即并存的亲属关系各自独立存在，各保有其固有的效力。如一亲属关系消灭，不影响另一亲属关系的存在。但应该指出的是，当亲属关系并存，互不吸收，各自独立时，其法律的适用采取“从近从重”原则。即同时并存的亲属关系中，适用亲属关系近者、权利义务重者的法律规定，发生该种亲属的效力；同时停止亲属关系远者、权利义务轻者的亲属效力。
没有户口本也不妨碍证明父子关系
律师回答
摘要：如何证明不在一个户口本上的父子关系？方法如下：1、开具证实父子关系的证明，村或居委会出具证明，派出所加盖公章；2、居民户口簿是重要证件，用于学校、婚姻、护照等事务；3、户口簿具有法律效力，是户籍调查的主要依据。在办理无法用法定身份证明的事项时，需要公安派出所开具相关证明，如亲属关系证明和亲属关系重复并存的证明。各国法律对于亲属关系并存的处理原则上采取“从近从重”的原则。
延伸阅读
结语：通过开具证实父子关系的证明，按照公安户籍管理规定，可以在不同户口本上证明父子关系。居民户口簿是我国公民重要的身份证件，具有证明公民身份状况和家庭成员关系的法律效力。在办理相关社会事务时，如需要证明亲属关系或证明亲属关系的重复并存，可以向公安派出所申请开具相关证明。在亲属关系并存时，法律适用原则是从近从重，即依据亲属关系的近远和权利义务的重轻来确定法律规定的适用。
法律依据
《中华人民共和国户口登记条例》第三条
户口登记工作，由各级公安机关主管。
城市和设有公安派出所的镇，以公安派出所管辖区为户口管辖区；乡和不设公安派出所的镇，以乡、镇管辖区为户口管辖区。乡、镇人民委员会和公安派出所为户口登记机关。
居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口，由各单位指定专人，协助户口登记机关办理户口登记；分散居住的户口，由户口登记机关直接办理户口登记。
居住在军事机关和军人宿舍的非现役军人的户口，由各单位指定专人，协助户口登记机关办理户口登记。
农业、渔业、盐业、林业、牧畜业、手工业等生产合作社的户口，由合作社指定专人，协助户口登记机关办理户口登记。合作社以外的户口，由户口登记机关直接办理户口登记。
户口登记工作，由各级公安机关主管。
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居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口，由各单位指定专人，协助户口登记机关办理户口登记；分散居住的户口，由户口登记机关直接办理户口登记。
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农业、渔业、盐业、林业、牧畜业、手工业等生产合作社的户口，由合作社指定专人，协助户口登记机关办理户口登记。合作社以外的户口，由户口登记机关直接办理户口登记。
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