(一)增值税
      根据财税[2008]81号文件规定，对农民专业合作社要弄清楚以下几项税收政策:
      1、对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。这里有一个条件，农业产品必须是本社成员生产的，否则就不能享受免征增值税优惠。
      2、增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。这里明确购进的是农民专业合作社的免税农业产品，其他农业产品或商品则必须按照现行政策规定计算抵扣。因此，对农民专业合作社销售给增值税一般纳税人的其他农业产品则要考虑税收问题。
      3、对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。这里规定的是向本社成员销售上述六种商品，才可以享受免征增值税，否则不能享受免征优惠。因此，在实际经营中既要把握好销售对象又要把握好规定的商品品目。
      4、视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税政策依据。《中华人民共和国增值税暂行条例》(以下简称《增值税暂行条例》)第十六条规定，农业生产者销售的自产农业产品免征增值税。财政部国家税务总局《关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》(财税[1995]52号)对自产农业产品做了规定:《增值税暂行条例》第十六条所列免税项目的第一项所称的农业生产者销售的自产农业产品，是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品。对农民专业合作社销售的外购的农业产品，以及外购农业产品生产、加工后销售的仍然属于注释所列的农业产品，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。
      (二)营业税
      1、《中华人民共和国营业税暂行条例》第六条规定，农业机耕、排灌、病虫害防治、植保、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、水生动物的配种和疾病防治项目免征营业税。
      2、国家税务总局《关于林木销售和管护征收流转税问题的通知》(国税函[2008]212号)规定，纳税人单独提供林木管护劳务行为的收入中，属于提供农业机耕、排灌、病虫害防治、植保劳务取得的收入，免征营业税。
      3、财政部、国家税务总局《关于对若干项目免征营业税的通知》(财税字[1994]2号)规定，将土地使用权转让给农业生产者用于农业生产，免征营业税。
      《农民专业合作社法》第五十二条规定:农民专业合作社享受国家规定的对农业生产、加工、流通、服务和其他涉农经济活动相应的税收优惠。换言之，对农民专业合作社从事上述劳务取得的收入，免征营业税。
      (三)企业所得税
      《中华人民共和国企业所得税法》(以下简称《企业所得税法》)第二十七条规定，从事农、林、牧、渔业项目的所得可以免征、减征企业所得税。企业所得税法实施条例则进一步明确了减免企业所得税的项目，包括:
      1.企业从事蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植，农作物新品种的选育，中药材的种植，林木的培育和种植，牲畜、家禽的饲养，林产品的采集，灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目，远洋捕捞项目的所得，免征企业所得税。
      2.企业从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植，海水养殖、内陆养殖项目的所得，减半征收企业所得税。
      按照《农民专业合作社法》的规定，农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。农民专业合作社依法登记，即可取得法人资格。设立农民专业合作社，应当向工商行政管理部门提交相关文件，申请设立登记，并取得营业执照。《企业所得税法》第一条就明确:在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税。新企业所得税法不同于原税法的一个最显著特点就在于实行法人所得税制度，毫无疑问，农民专业合作社是企业所得税纳税人，应当按照规定缴纳企业所得税。但根据《农民专业合作社法》第五十二条的规定，农民专业合作社享受国家规定的对农业生产、加工、流通、服务和其他涉农经济活动相应的税收优惠。因此，对上述的免征、减征企业所得税政策农民专业合作社可以享受税收优惠。
      (四)其他相关税收
      按照前述税收政策，农民专业合作社可以享受的涉农经济活动的税收优惠还有:
      1、城镇土地使用税。《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》(以下简称《城镇土地使用税暂行条例》)第六条规定，直接用于农、林、牧、渔业生产用地，免征城镇土地使用税。财政部、国家税务总局《关于房产税、城镇土地使用税有关政策的通知》(财税[2006]186号)中关于经营采摘、观光农业的单位和个人征免城镇土地使用税问题明确:在城镇土地使用税征收范围内经营采摘、观光农业的单位和个人，其直接用于采摘、观光的种植、养殖、饲养的土地，根据《城镇土地使用税暂行条例》第六条中直接用于农、林、牧、渔业的生产用地的规定，免征城镇土地使用税。把握的关键就在于土地必须是直接用于农、林、牧、渔业生产，而非他用，不符合这个用途规定的则要缴纳城镇土地使用税。
      2、房产税。国家税务总局《关于调整房产税和土地使用税具体征税范围解释规定的通知》(国税发[1999]44号)鉴于经济发展及城镇建设已发生很大变化，规定对农林牧渔业用地和农民居住用房屋及土地，不征收房产税和土地使用税。这里同样强调的是对农林牧渔业用地.
      3、印花税。财税[2008]81号文件规定，对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。这里需要区分的是社内、社外及农业产品、非农业产品和农业生产资料、非农业生产资料等，符合条件的免税，不符合条件的征税。
      4、耕地占用税。《中华人民共和国耕地占用税暂行条例》第十四条第二款规定:建设直接为农业生产服务的生产设施占用前款占用林地、牧草地、农田水利用地、养殖水面以及渔业水域滩涂等其他农用地建房或者从事非农业建设的规定的农用地的，不征收耕地占用税。《中华人民共和国耕地占用税暂行条例实施细则》进一步明确了条例第十四条所称直接为农业生产服务的生产设施，是指直接为农业生产服务而建设的建筑物和构筑物。具体包括:储存农用机具和种子、苗木、木材等农业产品的仓储设施;培育、生产种子、种苗的设施;畜禽养殖设施;木材集材道、运材道;农业科研、试验、示范基地;野生动植物保护、护林、森林病虫害防治、森林防火、木材检疫的设施;专为农业生产服务的灌溉排水、供水、供电、供热、供气、通讯基础设施;农业生产者从事农业生产必需的食宿和管理设施;其他直接为农业生产服务的生产设施。因此，对农民专业合作社占用农用地从事上述生产设施建设的，不征耕地占用税，否则则应照章征收。
      5、车船税。《中华人民共和国车船税暂行条例》第三条规定，非机动车船(不包括非机动驳船)、拖拉机、捕捞(养殖)渔船免征车船税。
      6、车辆购置税。财政部、国家税务总局《关于农用三轮车免征车辆购置税的通知》(财税[2004]66号)规定，对农用三轮车免征车辆购置税。农用三轮车是指:柴油发动机，功率不大于7.4kw，载重量不大于500kg，最高车速不大于40km/h的三个车轮的机动车。
      7、契税。《中华人民共和国契税暂行条例实施细则》规定，纳税人承受荒山、荒沟、荒丘、荒滩土地使用权，用于农、林、牧、渔业生产的，免征契税。