(一)股权代持协议效力风险的防范措施
可能影响股权代持协议法律效力的主要是合同法第五十二条第(三)项中提到的“以合法形式掩盖非法目的”。
股权代持协议的主要目的是通过该协议实现隐名股东的投资目的。法律或行政法规可能禁止或限制隐名股东实施投资行为或投资于特定行业。如果隐名股东属于被禁止或限制实施投资行为的人，或者其拟投资的企业所在的行业属于法律或行政法规禁止或限制投资的特定行业，则股权代持协议可能被认定为具有非法目的。此时，尽管股权代持协议本身并不为法律或行政法规所禁止，但却可能因为其目的的非法性而被认定为属于“以合法形式掩盖非法目的”的行为，从而被认定为无效法律行为。
在股权代持协议架构之下，前述法律风险无法得到有效规避。因此，投资者需要采用其他可能的形式规避前述风险。业内人士认为，可以考虑采用下述交易结构规避前述风险：投资者A将其投资资金借贷给B，由B投资于A拟投资的公司C，形成B对C的股权。之后，A和B签署债务清偿协议，约定以B对C的股权未来所产生的全部收益在扣除B的成本以及A承诺支付给B的相应报酬后，全部支付给A，以清偿B对A的债务。为保障B的债务的履行，B可以委托A行使股权并将其对C持有的部分质押给A并履行必要的股权质押登记手续。
(二)显名股东恶意侵害隐名股东权益风险的防范
此类风险来源于显名股东，因此其防范应着眼于显名股东。具体防范措施包括：
1.明确股东权利的行使方式。显名股东是名义股东，股东权利只能以他的名义来行使。因此，隐名股东要控制公司，必须约定好股东权利行使方式，比如行使表决权、分红权、增资优先权等必须通过隐名股东同意，显名股东必须按照隐名股东的意愿行使股东权利等。必要时，甚至可以要求显名股东将某些股东权利的行使不可撤销地委托给隐名股东、其职员或其信任的第三人，并提前出具行使股东权利的必要手续。这样的约定可以有效保障隐名股东对公司的控制权。
2.排除显名股东的财产权。这样做的目的是防止显名股东行使其名下股权的财产权，侵害隐名股东的财产权益。当显名股东出现意外死亡、离婚等情况时，其代持的股权不是他的个人财产，因而也就不能作为遗产或共同财产进行分割。这样就确保了实际出资人的财产所有权。
3.签订股权代持协议时约定高额违约责任并予以公证。由于显名股东在法律上被认为是标的公司的股东，如果其蓄意实施侵犯隐名股东利益的行为，隐名股东往往难以完全及时有效地制止该行为。因此，最好在签署股权代持协议时就对显名股东损害隐名股东利益的情况明确约定违约责任。约定严格的违约责任，会对显名股东起到威慑作用，增加其违反股权代持协议、侵害隐名股东利益的成本，使其违约行为得不偿失，从而减少其实施侵害隐名股东利益的行为的可能性。
(三)隐名股东难以确立股东身份、无法向公司主张权益的风险的防范
依据《公司法司法解释(三)》第二十五条的规定，隐名股东尽管享有投资权益，但是投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东(代持人)主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。
为防范此类风险的产生，隐名股东应当将股权代持协议向公司和其他股东予以披露，并争取要求其他股东(须过半数)提前出具同意显名股东向隐名股东“转让”股权的声明，并放弃优先购买权。
(四)显名股东债权人针对代持股权强制执行的风险
在法律上，显名股东是被代持的股权的权利人，代持股份被视为显名股东的财产。如果法院判决显名股东对第三人承担履行债务的义务，而显名股东又无其他财产可供执行，该第三人极可能提出针对代持股份的执行请求。
对此，业内人士建议可以考虑采取下列措施防范代持股份被强制执行的风险：通过信托的方式实现股份代持;在股份代持协议中明确排除显名股东针对股份享有的财产权利;要求受托人将其名义上持有的代持股份以委托人为质权人设定质权，质押给委托人。
