1、依据法律相关规定农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
2、依据法律相关规定，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级以上人民政府登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，中央国家机关使用的国有土地的登记发证，由国务院土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由国务院土地行政主管部门会同国务院机关事务管理局等有关部门制定。根据相关规定，以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。
3、土地使用证的变更根据相关规定，依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。依法改变土地用途的，必须持批准文件，向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行变更登记。相关规定房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。
哪些机构负责发放土地使用证？
律师回答
摘要：农民集体所有的土地用于非农业建设需向县级或市级土地管理部门申请土地使用证，国有土地使用权由县级以上人民政府登记核发，土地使用权变更需向县级以上人民政府土地行政主管部门申请登记，房产转让需向地方房产管理部门申请房产变更登记，并向土地管理部门申请土地使用权变更登记。
延伸阅读
结语：根据法律相关规定，农民集体所有的土地和国有土地的登记与变更需要遵循一定的程序和要求。对于农民集体所有的土地用于非农业建设的情况，土地使用者需向县级或市级土地管理部门提出登记申请，并获得土地使用权证书。而单位和个人使用的国有土地，也需要向县级以上人民政府土地行政主管部门提出登记申请，并获得国有土地使用权证书。在土地使用权发生变更时，相关申请和登记手续也需要依法进行。因此，合法合规地进行土地登记和变更是确保土地所有权和使用权的有效确认和保护的重要环节。
法律依据
中华人民共和国土地管理法（2019修正）：第六章 法律责任 第六十四条 违反本法第十一条、第十二条的规定，擅自批准出让或者擅自出让土地使用权用于房地产开发的，由上级机关或者所在单位给予有关责任人员行政处分。
中华人民共和国土地管理法（2019修正）：第一章 总则 第七条 国务院建设行政主管部门、土地管理部门依照国务院规定的职权划分，各司其职，密切配合，管理全国房地产工作。
县级以上地方人民政府房产管理、土地管理部门的机构设置及其职权由省、自治区、直辖市人民政府确定。
中华人民共和国城市房地产管理法（2019修正）：第二章 房地产开发用地 第二节 土地使用权划拨 第二十四条 下列建设用地的土地使用权，确属必需的，可以由县级以上人民政府依法批准划拨：
（一）国家机关用地和军事用地；
（二）城市基础设施用地和公益事业用地；
（三）国家重点扶持的能源、交通、水利等项目用地；
（四）法律、行政法规规定的其他用地。
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（二）城市基础设施用地和公益事业用地；
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（四）法律、行政法规规定的其他用地。
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