食品流通许可证在当地的食品药品监督管理部门办理，各级食药监管理部门需要对当事人提交的申请进行审查，并对是否具备经营资格进行认定，当事人也可以提交有关材料来进行合法的办理。
食品经营许可证在申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门办理。根据《食品经营许可管理办法》中规定:
第十二条 申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料:
(一)食品经营许可申请书;
(二)营业执照或者其他主体资格证明文件复印件;
(三)与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件;
(四)食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
二、《食品经营许可管理办法》
第十四条 县级以上地方食品药品监督管理部门对申请人提出的食品经营许可申请，应当根据下列情况分别作出处理:
(一)申请事项依法不需要取得食品经营许可的，应当即时告知申请人不受理。
(二)申请事项依法不属于食品药品监督管理部门职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请。
(三)申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正，由申请人在更正处签名或者盖章，注明更正日期。
(四)申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在5个工作日内一次告知申请人需要补正的全部内容。当场告知的，应当将申请材料退回申请人;在5个工作日内告知的，应当收取申请材料并出具收到申请材料的凭据。逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。
(五)申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照要求提交全部补正材料的，应当受理食品经营许可申请。
对于食品流通的具体认定和处理情况，应当严格基于当事人的申请情况来进行办理，特别是对于相关证件的认定上，应当对是否具备经营资格进行处理，如果不具备经营资格的，那么行政管理部门是不会发放相关的证件的。
