法律分析：一、纳税义务人、扣缴义务人不同
《中华人民共和国增值税暂行条例》(以下简称《增值税暂行条例》)规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人。为加强增值税管理，税收法规规定，按照纳税人的会计核算是否健全，是否能够提供准确的税务资料以及经营规模的大小，将增值税纳税义务人划分为一般纳税人和小规模纳税人。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第34条规定，境外的单位或个人在境内销售应税劳务而在境内未设有经营机构的，其应纳税款以代理人为扣缴义务人;没有代理人的，以购买者为扣缴义务人。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》(以下简称《土地增值税暂行条例》)规定，转让国有土地使用权、地上的建筑及其附着物(以下简称转让房地产)并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人。
与增值税相比，土地增值税没有一般纳税人和小规模纳税人之分，也没有法定的扣缴义务人。
二、征税范围不同
增值税征税范围包括货物的生产、批发、零售和进口4个环节。此外，加工和修理修配劳务也属于增值税的征税范围。
土地增值税的征税对象是有偿转让房地产产权所取得的增值额。
三、税率不同
《增值税暂行条例》分项目规定了增值税的3档税率：即17%的基本税率、13%的低税率和零税率。绝大多数货物和应税劳务都适用基本税率;13%的低税率，主要是对粮食、食用植物油、自来水、冷气、暖气、热水、煤气、石油液化气、天然气、沼气和居民用煤炭制品等人民生活必需品，对图书、报纸、杂志等人民的精神食粮以及饲料、化肥、农膜、农药、农机等农业生产资料征收(其中有些项目，如化肥、农膜、农药、农机等，财政部、国家税务总局另行制定了税收优惠政策);纳税人出口货物，税率为零(国务院另有规定的除外)，体现了国家的倾斜政策。小规模纳税人销售货物或者应税劳务的，增值税按6%或4%的征收率征收(自1998年7月1日起，商业企业小规模纳税人的增值税征收率由6%调减为4%)。
《土地增值税暂行条例》及其实施细则规定，土地增值税按照增值额与扣除项目金额的比例大小，实行30%、40%、50%、60%的4级超率累进税率。
四、扣除项目和计税方法不同
增值税的应纳税额是当期销项税额减去当期进项税额的余额，实行的是税款抵扣制。同时规定了准予抵扣的进项税额限于从销售方取得的增值税专用发票和从海关取得的完税凭证上注明的增值税额。购进免税农产品准予抵扣的进项税额，按照买价和规定的扣除率计算。下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
1.购进固定资产;
2.用于非应税项目的购进货物或者应税劳务;
3.用于免税项目的购进货物或者应税劳务;
4.用于集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务;
5.非正常损失的购进货物;
6.非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务。
土地增值税是要先根据转让房地产取得的收入总额与扣除项目金额计算出增值额，然后计算增值额占扣除项目金额的比例，即增值率，再依据增值率对照适用税率计算应纳税额。计算增值额的扣除项目具体包括：
1.取得土地使用权所支付的金额;
2.开发土地和新建房及配套设施的成本、费用;
3.旧房及建筑物的评估价格;
4.与转让房地产有关的税金。另外，对从事房地产开发的纳税人可按取得土地使用权所支付金额和房地产开发成本的金额之和，加扣20%。
5.财政部规定的其他扣除项目。
五、征收管理机关不同
增值税由国家税务机关负责征收管理。
土地增值税由地方税务机关负责征收管理。
六、纳税地点不同
增值税的纳税地点：
1.固定业户应当向其机构所在地主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税;经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。
2.固定业户到外县(市)销售货物的，应当向其机构所在地主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明，向其机构所在地主管税务机关申报纳税。未持有其机构所在地主管税务机关核发的外出经营活动税收管理证明、到外县(市)销售货物或者应税劳务的，应当向销售地主管税务机关申报纳税;未向销售地主管税务机关申报纳税的，由其机构所在地主管税务机关补征税款。
3.非固定业户销售货物或者应税劳务，应当向销售地主管税务机关申报纳税。
4.进口货物，应当由进口人或其代理人向报关地海关申报纳税。
土地增值税的纳税人应向房地产所在地主管税务机关申报纳税。
七、纳税期限不同
增值税的纳税期限分别为1日、3日、5日、10日、15日或者1个月。纳税人的具体纳税期限，由主管税务机关根据纳税人应纳税额的大小分别核定;不能按照固定期限纳税的，可以按次纳税。纳税人以1个月为1期纳税的，自期满之日起10日内申报纳税;以1日、3日、5日、10日或者15日为1期纳税的，自期满之日起5日内预缴税款，于次月1日起10日内申报纳税并结清上月应纳税款。纳税人进口货物，应当自海关填发税款缴纳证的次日起7日内缴纳税款。
土地增值税的纳税期限为纳税人在转让房地产合同签订之日起7日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。
八、减税、免税的规定不同
增值税的减税、免税，除《增值税暂行条例》第16条及《增值税暂行条例实施细则》第31条规定的免税项目外、国家还根据不同时期的具体情况，制定了许多增值税的税收优惠政策。土地增值税的减税、免税除《土地增值税暂行条例》第8条及《土地增值税暂行条例实施细则》第11条规定的免税项目外，国家还制定了几项具体的减税、免税政策。
此外，销售收入的实现，计税价格的确定，预算级次等方面，增值税与土地增值税也有一些区别。
