规章是由国务院部门或者省、自治区、直辖市和较大的市的人民政府制定的规范性文件，是我国法律体系中层级最低的一种法的形式，包括国务院部门规章和地方人民政府规章。根据行政诉讼法的规定，规章不能作为行政审判的依据，法院在审理行政案件时只是“参照”使用。规章要取得完整的法的效力，必须由法律明确授权，像行政处罚法授权规章设定行政处罚一样。目前，规章设定的行政许可比较多，存在的问题也多，因此，行政许可法草案没有授权国务院部门规章可以设定行政许可，但考虑到地方政府综合管理所辖行政区域的各项事务，授权省、自治区、直辖市和较大市的人民政府规章可以设定行政许可。
对是否应当授权地方政府规章设定行政许可，存在两种意见。一种意见不同意地方规章设定行政许可，理由是：(1)制定行政许可法的主要目的之一;就是要治理行政许可过多、过滥，而当前行政许可混乱的一个主要原因，就是规章设定的行政许可太多。保留地方政府规章的设定权，行政许可过多、过滥的问题可能依然得不到解决，取消地方政府规章的行政许可设定权，有利于控制行政许可的数量，是行政许可制度改革的发展方向;(2)根据立法权的规定，国务院部门规章与地方政府规章处于同一法律位阶，行政许可法草案没有授予国务院部门规章行政许可设定权，授予地方政府规章行政许可设定权，二者不平衡;(3)设定行政许可是给行政机关设定权力，给公民设定义务，根据现代法治精神，行政机关不能自己给自己设定权力，不能自我授权。地方政府是法律、法规的实施机关，按照设定权和实施权分开的原则，地方政府不应当有设定权;(4)设定行政许可属于立法行为，应当符合宪法和立法法确立的立法体制以及依法行政的要求，规章主要是为执行法律、法规而作出具体规定，不具有创设性的立法权，赋予地方政府立法权，不符合我国的立法体制。如果地方人民政府认为有必要设定行政许可，可以提请有立法权的地方人大及常委会制定地方性法规。这样，不仅有利于巩固和加强地方人大作为地方国家权力机关的作用，也有利于进一步落实依法行政，实现依法治国;(5)地方人大两个月开一次会，立法法没有对地方性法规需要几审通过作出要求，地方人大可以灵活掌握，能够及时地制定地方性法规，设定行政许可;(6)规章设定行政许可之后，一旦在执行中产生诉讼，法院在审理案件时，只是“参照”规章，司法上会产生难以确定的后果，给执法带来困难。另一种意见赞成赋予地方政府规章一定的行政许可设定权。理由是：(1)在中国这样一个大国，社会、经济情况发展不平衡，什么事都由中央管很难管好，往往一统就死，一放就乱。从国外的经验看，地方自主权扩大是发展趋势;(2)这几年政府对经济管理的思想发生变化，地方要促进经济发展，搞好投资环境，不会乱设行政许可，以前乱设许可的情况有所改变，赋予地方政府规章设定权不会有问题;(3)地方性法规制定的周期较长，设定权集中于地方性法规，不利于保障行政管理的效率。
