根据不同情况决定：
1、若犯罪嫌疑人是因为缺乏犯罪事实而被起诉不起诉，那么就不会有案底。
2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
一、不起诉会影响子女吗
不影响。被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：
（一）如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。
（二）如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十五条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
二、被司法部门刑事拘留批捕有案底吗
被刑事拘留或批捕以后都不会留下案底，因为刑事拘留和批捕都不代表犯罪嫌疑人就是有罪的，除非法院的有罪判决正式发生了法律效力，只有这样才会留下案底。案底在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。刑事案件卷宗应长期保存。根据档案管理的规定，长期保存的档案，最短时间保存时间为六十年。六十年后可以销毁。案件卷宗，在公安、检察和法院都有保存。如果是未成年人犯罪，案件记录依法要给予封存。
根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百一十三条规定，公安机关对被拘留的犯罪嫌疑人审查后，根据案件情况报经县级以上公安机关负责人批准，分别作出处理：具有刑事诉讼法第15条规定情形之一的，撤销案件。刑事拘留
对于证据不足或者情节显著轻微尚不构刑事处罚的嫌疑人公安机关应当立即予以解除刑事拘留，即释放，视情况而定也可以给予行政拘留处罚，就是说被刑事拘留以后有可能会有案底(被刑事处罚或者行政处罚)，但无罪释放是不可能留下案底的。
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摘要：被不起诉不会留下案底，但根据具体情况而定。被刑事拘留或批捕不会留下案底，除非法院有罪判决。案件卷宗在公安、检察和法院都有保存，最短保存时间为六十年。未成年人犯罪案件记录要封存。被刑事拘留后可能会有案底，但无罪释放不会留下案底。
延伸阅读
刑事拘留以后的程序是什么
刑事拘留后的程序是是逮捕或者释放犯罪嫌疑人。
1、需要逮捕的，但不需要逮捕的，依法办理取保候审或者监视居住手续后，直接向人民检察院移送起诉；
2、拘留期限内未能查清犯罪事实的，依在拘留期限内，依法办理提请批准逮捕手续；
3、应当追究刑事责任法办理取保候审或者监视居住手续后，继续侦查；
4、撤消案件的，释放被拘留人，发给释放证明。
刑事拘留也不是一定会留下案底，因为如果被拘留人并没有被定罪判刑的话，是不会留下案底的，如果被定罪判刑，就会留下案底，且不会消除。
刑事拘留后的程序是是逮捕或者释放犯罪嫌疑人。
1、需要逮捕的，但不需要逮捕的，依法办理取保候审或者监视居住手续后，直接向人民检察院移送起诉；
2、拘留期限内未能查清犯罪事实的，依在拘留期限内，依法办理提请批准逮捕手续；
3、应当追究刑事责任法办理取保候审或者监视居住手续后，继续侦查；
4、撤消案件的，释放被拘留人，发给释放证明。
刑事拘留也不是一定会留下案底，因为如果被拘留人并没有被定罪判刑的话，是不会留下案底的，如果被定罪判刑，就会留下案底，且不会消除。
结语：根据不同情况决定是否会有案底,如果因缺乏犯罪事实而被起诉不起诉,则不会有案底;如果因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉,仍会有本应的案底记载。不起诉不会影响子女,但被司法部门刑事拘留批捕会有案底,被刑事拘留或批捕以后都不会留下案底。案底在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录,而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。刑事案件卷宗应长期保存。根据档案管理的规定,长期保存的档案,最短时间保存时间为六十年。六十年后可以销毁。案件卷宗,在公安、检察和法院都有保存。如果是未成年人犯罪,案件记录依法要给予封存。
法律依据
中华人民共和国行政诉讼法（2017修正）：第六章 起诉和受理 第五十条 起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，出具注明日期的书面凭证，并告知对方当事人。
中华人民共和国行政诉讼法（2017修正）：第六章 起诉和受理 第五十一条 人民法院在接到起诉状时对符合本法规定的起诉条件的，应当登记立案。
对当场不能判定是否符合本法规定的起诉条件的，应当接收起诉状，出具注明收到日期的书面凭证，并在七日内决定是否立案。不符合起诉条件的，作出不予立案的裁定。裁定书应当载明不予立案的理由。原告对裁定不服的，可以提起上诉。
起诉状内容欠缺或者有其他错误的，应当给予指导和释明，并一次性告知当事人需要补正的内容。不得未经指导和释明即以起诉不符合条件为由不接收起诉状。
对于不接收起诉状、接收起诉状后不出具书面凭证，以及不一次性告知当事人需要补正的起诉状内容的，当事人可以向上级人民法院投诉，上级人民法院应当责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
中华人民共和国行政诉讼法（2017修正）：第六章 起诉和受理 第四十八条 公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。
公民、法人或者其他组织因前款规定以外的其他特殊情况耽误起诉期限的，在障碍消除后十日内，可以申请延长期限，是否准许由人民法院决定。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，出具注明日期的书面凭证，并告知对方当事人。
中华人民共和国行政诉讼法（2017修正）：第六章 起诉和受理 第五十一条 人民法院在接到起诉状时对符合本法规定的起诉条件的，应当登记立案。
对当场不能判定是否符合本法规定的起诉条件的，应当接收起诉状，出具注明收到日期的书面凭证，并在七日内决定是否立案。不符合起诉条件的，作出不予立案的裁定。裁定书应当载明不予立案的理由。原告对裁定不服的，可以提起上诉。
起诉状内容欠缺或者有其他错误的，应当给予指导和释明，并一次性告知当事人需要补正的内容。不得未经指导和释明即以起诉不符合条件为由不接收起诉状。
对于不接收起诉状、接收起诉状后不出具书面凭证，以及不一次性告知当事人需要补正的起诉状内容的，当事人可以向上级人民法院投诉，上级人民法院应当责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
中华人民共和国行政诉讼法（2017修正）：第六章 起诉和受理 第四十八条 公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。
公民、法人或者其他组织因前款规定以外的其他特殊情况耽误起诉期限的，在障碍消除后十日内，可以申请延长期限，是否准许由人民法院决定。
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