1、土地使用权对房屋所有权的限制
《中华人民共和国房地产管理法》
第三十一条“房地产转让、抵押时，房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权同时转让、抵押”
这就是俗称的“地随房走、房随地走”。如果存在地上定着物，则无论是以房产作抵押还是以房屋占用范围内的土地使用权抵押，都必须坚持“房地一致”的原则，具体表现为由于没有房屋权属证明或者单个抵押一方的价值已经足够等原因，借款方只愿意抵押房屋或只提供土地使用权抵押，不能或不愿同时提供二者合一的抵押，使得此种抵押担保出现法律风险，商品房和商铺例外。
2、超期未开发建设收回风险
根据《城市房地产管理法》第二十五条规定：
“以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的，必须按照土地使用权出让合同约定的土地用途、动工开发期限开发土地。超过出让合同约定的动工开发日期满一年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金百分之二十以下的土地闲置费;满二年未动工开发的，可以无偿收回土地使用权，但是，因不可抗力或者政府有关部门的行为或者动工开发必须的前期工作造成动工开发延迟的除外。”
因此，在进行土地抵押时，应了解该土地取得时间、目前开工进展情况、是否存在被收回的风险。
3、抵押登记不规范风险
目前，有的地区采用房地统一抵押登记制度，有的采用分开抵押登记制度。例如，在进行土地及地上建筑物(均有证)抵押登记时，有的地区需要同时在土地局和房产局分别进行抵押登记，有的地区则只需要在房产局进行合并抵押登记。此外，在实际操作中会发现，针对部分地上建筑物无证的情况，有的地区只要将地上建筑物一并纳入抵押范围，则可以在土地局一并办理抵押登记，但有的地区只接受有权属证明的财产抵押或者在建工程抵押，但是进行在建工程抵押的相关要求较为严格，因此，一些无证件的地上建筑物很难一并抵押，这就造成了处置的难度。
4、使用权不明或争议瑕疵风险
第一、土地使用权上存在租赁权。法律规定买卖不破租赁，如果初分抵押土地财产时，土地权利上存在土地租赁权利，土地的购买者将会减少或土地价格大打折扣，损害抵押权人利益。
第二、依法被扣押、查封、监管或采取其他诉讼保全措施的国有土地使用权。对于已经被有关机关采取强制措施的土地使用权，因其权利已经或暂时丧失完整性，可能影响后续抵押权的行使，故不能成为抵押物。
第三、土地没有达到开发强度，以该国有土地使用权抵押的，抵押无效。
一、土地使用权如何使用？
依法使用土地管理权，保护使用者的合法利益，避免使用者的不必要的损失。
(一)土地使用权出让土地使用权出让是指国家以土地所有者的身份将土地使用权在一定年限内让与土地使用者，并由土地使用者向国家支付土地使用权出让金的行为。具体程序如下：
1、外商投资企业用地可事先向市、县国土部门申请预约，预约期内可优先获得指定地块的土地使用权。申请预约用地，须持有外经计划部门申请投资建设立项的文件资料，与国土部门签订预约用地协议，交付预约金。
2、企业正式申请用地并与市、县国土部门签订土地使用权出让合同。
3.土地使用权出让可采用招标、协议、拍卖的方式。协议、招标方式出让土地使用权的土地使用者应按出让合同规定的期限和方式向国土部门缴付地价款；拍卖方式出让土地使用权的，土地使用者应在出让合同生效之日向国土部门缴付地价款10%的定金，余额应在出让合同生效之日起60日内全部付清。
4、土地使用者在付清全部地价款后30日内到国土部门办理土地使用权出让登记，领取土地使用证，取得土地使用权。
5、土地使用者需要改变出让合同规定的土地用途和规划要求的，必须事先向原办理土地使用权出让的国土部门提出申请，经国土部门和城市规划管理部门审核批准后，重新签订出让合同，调整地价，并应在合同签订之日起30日内到原登记机关办理变更登记。
(二)土地使用权转让土地使用者转让土地使用权须具备的条件是：第一已支付全部地价款；第二持有土地使用证，有地上建筑物、其他附着物，还应有房屋所有权证，第三已按出让合同规定的条件和期限完成了开发建设。其具体程序是：
1、土地使用权转让双方应签订转让合同，并持土地使用证、土地出让合同、土地转让合同，向土地所在地的市、县国土部门申请转让登记手续。如土地上已建有房屋的，转让双方应先向所在地的房地产交易所申请办理转让手续，并在办理转让手续之日起30日内，持有关文件资料向土地所在地的市、县国土部门和房地产管理部门申请办理土地使用权转让登记手续。
2、国土部门接到登记申请后，应及时予以审查。对符合转让条件和登记要求的，给予办理转让登记和换发土地使用证。
3、土地使用权出租。土地使用权出租，租赁双方必须持土地使用证、出让合同、租赁合同向所在地市、县国土部门申请办理土地使用权租赁登记手续。如土地上已建有房屋的，租赁双方应先到所在地的房地产交易所申请办理租赁手续后，15日内到所在地的市、县国土部门办理登记手续。土地使用权出租后，出租人必须继续履行土地使用权出让合同。租赁关系终止，租赁双方应在终止之日起15日内，到原登记机关办理注销登记。
4、土地使用权抵押。土地使用权抵押，其地上建筑物、其他附着物随之抵押。土地使用权抵押时，抵押人、抵押权人必须持土地使用证、土地出让合同、载有抵押条款的经济合同、土地使用权抵押申请书向所在地的国土部门和房地产管理部门办理抵押登记手续。抵押人到期未能履行债务或者在抵押合同期间宣告解散、破产等。抵押权人有权向国土部门和房地产管理部门申请处分抵押的土地使用权。抵押权因债务清偿或其他原因终止时，抵押双方应在抵押权终止之日起15日内到原登记机关办理注销或转移登记。
《城镇土地使用税暂行条例》第四条土地使用税每平方米年税额如下：
(一)大城市1.5元至30元；
(二)中等城市1.2元至24元；
(三)小城市0.9元至18元；
(四)县城、建制镇、工矿区0.6元至12元。