是的，免税农产品可以抵扣进项税。根据《中华人民共和国企业所得税法》，免税农产品可以抵扣企业在当期纳税申报期内发生的进项税额。对于有资质的农产品经营企业，根据《企业所得税法》规定，企业可以申报抵扣农产品进项税。
抵扣免税农产品的进项税的步骤包括:
①申报企业收购的免税农产品，将收购凭证报送税务机关审核；
②经税务机关核实，下发抵扣农产品进项税凭证；
③申报企业在当期纳税申报期内应纳税款时，利用抵扣农产品进项税凭证，抵扣企业在当期纳税申报期内发生的进项税额。
因此，免税农产品可以抵扣进项税，但是要遵循上面的步骤，进行正规报税。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第八条
纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式： 进项税额价×扣除率。
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。 准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
