法律分析：一、食品安全法的违法所得的认定
(1)食品生产环节
2013年食品药品监管体制改革前，食品生产环节的监管由质监部门负责，一般情况下，食品生产领域中违法所得的认定采取“获利说”。其依据是国家质检总局2011年2月发布的《关于实施〈中华人民共和国产品质量法〉若干问题的意见》，该《意见》第十一条“关于“货值金额”和“违法所得”、“违法收入”的计算问题”指出“本法所称违法所得是指获取的利润”。
(2)食品流通环节
机构改革前，食品流通环节的监管由工商部门负责，一般情况下，食品流通领域中违法所得的认定采取“获利说”。其依据是国家工商行政管理总局2008年12月发布的《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》，该《办法》第二条规定：“工商行政管理机关认定违法所得的基本原则是：以当事人违法生产、销售商品或者提供服务所获得的全部收入扣除当事人直接用于经营活动的适当的合理支出，为违法所得。本办法有特殊规定的除外。”
(3)餐饮服务环节
食品餐饮服务环节的监管由食药监部门负责，一般情况下，食品餐饮服务领域中违法所得的认定采取“全部说”。其依据是卫生部2010年3月出台《餐饮服务食品安全监督管理办法》(卫生部令第71号)，该《办法》第四十四条规定：“本办法所称违法所得，指违反《食品安全法》、《食品安全法实施条例》等食品安全法律法规和规章的规定，从事餐饮服务活动所取得的相关营业性收入。”
二、药品违法所得的认定
药品生产、经营和使用环节中涉及“违法所得”的认定，一般情况采取“全部说”，特殊情形则是采取“获利说”。依据是国家食品药品监督管理总局2007年2月回复江西省食品药品监督管理局的《关于<药品管理法><药品管理法实施条例>“违法所得”问题的批复》(国食药监法[2007]74号)，该《批复》指出：“一般情况下，《药品管理法》、《药品管理法实施条例》中的‘违法所得’，是指‘实施违法行为的全部经营收入’。《药品管理法》第八十二条、第八十七条规定的‘违法所得’是指‘实施违法行为中收取的费用’。《药品管理法实施条例》第八十一条规定的‘违法所得’是指‘售出价格与购入价格的差价’。”根据该《批复》，涉及药品领域的“违法所得”，除《药品管理法实施条例》第八十一条规定的情形(药品经营企业、医疗机构无主观过错销售或使用假、劣药品)采取“获利说”外，其他情形均采取“全部说”。
三、违反食品安全法会被没收违法所得的情形
违反本法规定，有下列情形之一的，由有关主管部门按照各自职责分工，没收违法所得、违法生产经营的食品和用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品;违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，并处二千元以上五万元以下罚款;货值金额一万元以上的，并处货值金额五倍以上十倍。
(一)用非食品原料生产食品或者在食品中添加食品添加剂以外的化学物质和其他可能危害人体健康的物质，或者用回收食品作为原料生产食品;
(二)生产经营致病性微生物、农药残留、兽药残留、重金属、污染物质以及其他危害人体健康的物质含量超过食品安全标准限量的食品;
(三)生产经营营养成分不符合食品安全标准的专供婴幼儿和其他特定人群的主辅食品;
(四)经营腐败变质、油脂酸败、霉变生虫、污秽不洁、混有异物、掺假掺杂或者感官性状异常的食品;
(五)经营病死、毒死或者死因不明的禽、畜、兽、水产动物肉类，或者生产经营病死、毒死或者死因不明的禽、畜、兽、水产动物肉类的制品;
(六)经营未经动物卫生监督机构检疫或者检疫不合格的肉类，或者生产经营未经检验或者检验不合格的肉类制品;
(七)经营超过保质期的食品;
(八)生产经营国家为防病等特殊需要明令禁止生产经营的食品;
(九)利用新的食品原料从事食品生产或者从事食品添加剂新品种、食品相关产品新品种生产，未经过安全性评估;
(十)食品生产经营者在有关主管部门责令其召回或者停止经营不符合食品安全标准的食品后，仍拒不召回或者停止经营的。
