法律分析：一、农民工合同纠纷的处理方式如下：
1.与用人单位进行协商：有工会的单位，可首先向工会反映情况，通过工会与用工方进行交涉;若单位还没有成立工会组织，也可直接向用工方提出协商要求;被拖欠工资的工人还可联合起来，向用工方提出集体协商要求，给他们施加压力。
2.采用行政解决方法：可向劳动监察部门举报。随着讨薪问题日益受到重视，各地劳动局基本都有专门处理该类投诉的部门。
3.委托律师进行追讨：即通过律师进行调解，调解不果可申请劳动仲裁;若对仲裁不满的话还可以向法院提起诉讼。
二、农民工跟公司签的协议有纠纷的处理方式如下：
(一)协商。当事人自行协商解决合同纠纷，是指合同纠纷的当事人，在自愿互谅的基础上，按照国家有关法律、政策和合同的约定，通过摆事实、讲道理，以达成和解协议，自行解决合同纠纷的一种方式。
(二)调解。合同纠纷的调解，是指双方当事人自愿在第三者(即调解的人)的主持下，在查明事实、分清是非的基础上，由第三者对纠纷双方当事人进行说明劝导，促使他们互谅互让，达成和解协议，从而解决纠纷的活动。
(三)仲裁。仲裁也称公断。合同仲裁，即由第三者依据双方当事人在合同中订立的仲裁条款或自愿达成的仲裁协议，按照法律规定对合同争议事项进行居中裁断，以解决合同纠纷的一种方式。仲裁是现代世界各国普遍设立的解决争议的一种法律制度。
(四)诉讼。诉讼，也就是俗称的打官司。合同在履行过程中发生纠纷后，当事人无法自行协商解决或无法调解，也不愿采取仲裁方式解决，那么就只能采用诉讼的方式来解决争议。所以，诉讼是解决合同纠纷的最终形式。
法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
