保密资格复查是指，作出审批保密资格决定的行政机关，对已取得保密资格的单位在有效期内会进行一次复查。复查是随机抽取的，不是所有取得保密资格的单位都会进行复查。
复查时间为取得保密资格后满2年至3年，复查工作原则上参照保密资格现场审查程序和要求进行，但不排除各地方的要求会有一定差异。
复查是不需要单位提出申请，由国家或者省、自治区、直辖市军工保密资格认定办公室组织展开，但一般会提前10个工作日进行书面通知。除无需进行涉密人员测试外(部分地区也会进行涉密人员测试)，复查工作程序与现场审查程序一致，并由被审查单位相关负责人与复查组组长在《武器装备科研生产单位保密资格现场复查意见书》(以下简称意见书)上共同签字。
复查的结果分为“通过”和“不通过”，被复查单位不符合《评分标准》基本项要求，或者评分未达到450分的，视为不通过复查。对未通过复查的单位，复查组应当在《复查意见书》
中说明理由和意见，明确提出警告和限期整改要求。对未通过复查的单位，行政机关应当视情况给予警告、通报或者约谈主要负责人。严重违反《标准》基本项要求、已不宜继续承接涉密武器装备科研生产项目的，应当暂停其保密资格。
未通过复查的单位应当于三个月内提交书面整改报告，由国家或者省、自治区、直辖市军工保密资格认定委员会及其办公室于复查三个月后根据整改情况决定是否再次复查。对于再次复查的单位，复查组会重新填写《复查意见书》，并注明再行复查的原因。对再次复查仍未通过的单位，上报国家或者省、自治区、直辖市军工保密资格认定委员会，依据法定程序由作出审批决定的行政机关撤销其保密资格。
总体来说，保密资格复查是随机抽查，复查流程基本和现场审查一致，对于企业来说，如果被抽中复查也不用太过紧张，正常的迎接审查即可。
