法律分析：一、被告以仲裁为由提出管辖权异议的理由能否成立
《仲裁法》中的有关规定只有第二十条：“当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会做出决定或者请求人民法院做出裁定。一方请求仲裁委员会做出决定，另一方请求人民法院做出裁定的，由人民法院裁定。当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。”
这个法律规定还是有值得商榷的地方，第一、中国仲裁法中没有明确提到管辖权异议，而代之以对仲裁协议的异议，这是不全面的。如果当事人对仲裁协议本身没有异议，但就争议事项的可仲裁性，或受案仲裁机构的权限而提出管辖权异议，如何处理似乎从《仲裁法》上找不到依据。在这个问题上，CIETAC加以了补救，其仲裁规则关于管辖权抗辩使用了“仲裁协议及/或仲裁案件管辖权的抗辩”的用语，显然是同意仲裁案件管辖权的抗辩不仅仅是仲裁协议的效力问题。即使是只谈仲裁协议，仲裁法第二十条也是不完整的，它只规定了当事人可以请求就“仲裁协议的效力”作决定，而没有对“仲裁协议的存在”所产生的异议问题做出规定。第二、从这条规定的本身来说，它也规定得过于简单，不具备应有的操作性。它表明，目前中国的法律制度承认仲裁机构有权决定自己对特定仲裁案件是否有管辖权，但同时认为法院的决定具有优先的效力。这实质上是一种折衷方案，而且没有具体表明折衷的结合点和分界点。最高人民法院的司法解释(法释〔1998〕27号)《关于确认仲裁协议效力几个问题的批复》所反映的也是这种折衷的思路，但操作性更强一些。
这一司法解释的第三点规定：“当事人对仲裁协议的效力有异议，一方当事人申请仲裁机构确认仲裁协议效力，另一方当事人请求人民法院确认仲裁协议无效，如果仲裁机构先于人民法院接受申请并已做出决定，人民法院不予受理;如果仲裁机构接受申请后尚未做出决定，人民法院应予受理，同时通知仲裁机构中止仲裁。”
这一司法解释的第四点规定：“一方当事人就合同纠纷或者其他财产权益纠纷申请仲裁，另一方当事人对仲裁协议的效力有异议，请求人民法院确认仲裁协议无效并就合同纠纷或者其他财产权益纠纷起诉的，人民法院受理后应当通知仲裁机构中止仲裁。人民法院依法做出仲裁协议有效或者无效的裁定后，应当将裁定书副本送达仲裁机构，由仲裁机构根据人民法院的裁定恢复仲裁或者撤销仲裁案件。
二、仲裁机构与法院之间出现的决定管辖权的管辖权冲突如何解决
人民法院依法对仲裁协议做出无效的裁定后，另一方当事人拒不应诉的，人民法院可以缺席判决。原受理仲裁申请的仲裁机构在人民法院确认仲裁协议无效后仍不撤销其仲裁案件的，不影响人民法院对案件的审理。“该司法解释的用意是要解决仲裁机构与法院之间可能出现的决定管辖权的管辖权冲突，以及两者就同一管辖权争议的决定的实质性冲突，弥补仲裁法规定之不足。但是，试想在国际商事仲裁中，如果仲裁地在外国，且为临时仲裁，但案件被申请人是中国国内公司，该被申请人在国内法院要求确认有关仲裁协议无效，人民法院将如何通知仲裁机构中止仲裁?裁定书副本如何送达哪一个仲裁机构?由此可见，该司法解释针对的主要是国内仲裁和机构仲裁。在纷繁复杂的经济贸易交往中，我们不能也不应只考虑到国内的机构仲裁而无视临时仲裁和其他国家特别是西方仲裁业发达国家的国际仲裁。
在机构仲裁中，出现管辖权纠纷，是由仲裁机构还是由仲裁庭来决定呢?尽管仲裁机构与仲裁员的出发点和利益是一致的，都是要公平合理地解决争议，包括程序问题的争议。在机构仲裁中，当事人约定提交仲裁机构解决的争议都最终是由仲裁员来处理，两者之间是同一的关系。但是，另一方面，两者作为不同的法律主体，又有各自独立之处，比如，仲裁庭独立公正审理案件时，尤其是审理实体问题时，仲裁机构无权干预，因而两者之间也有不完全同步的地方。所以，究竟应由仲裁机构或仲裁庭来对仲裁管辖权争议做出决断，也是存在争论的。大多数国家都承认仲裁庭有权调查对自身提出的管辖权异议，其原因是这是仲裁庭固有的权力，是仲裁庭能正常工作所必不可少的基本权力。如《欧洲国际商事仲裁公约》第5.3条规定，仲裁庭能够决定仲裁协议是否存在，有权对自己的管辖权做出决定。1985年联合国《国际商事仲裁示范法》第16条第1款规定：“仲裁庭可以对其自身的管辖权包括对仲裁协议的存在或效力的任何异议，做出决定。”相比之下，中国规定由仲裁机构来决定对管辖权的异议，是比较特殊的。
《仲裁法》第20条规定，当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会做出决定;CIETAC2000年规则第4条也规定，仲裁委员会有权对仲裁协议的存在、效力以及仲裁案件的管辖权做出决定。中国的这种独特做法遭到国内外法学界和仲裁界的广泛批评。但这样的规定也有其合理的一面：首先，由仲裁委员会来做出管辖权决定，能够保持一个机构内所有的关于管辖权问题的决定的一致性，避免不同的仲裁庭对相同或类似的情形做出不同甚至矛盾的判断和结论;第二，在仲裁庭组庭之前，当事人很可能就会提出管辖权异议的问题。这时候，当然只能由仲裁委员会就这一问题根据表面证据做出决定，以使仲裁程序能够继续进行下去;第三，组庭之后，实际操作中，都是由仲裁庭对实体问题做出审理，仲裁委员会都是在仲裁庭实体审理的基础上，按照仲裁庭的意见，以仲裁委的名义做出管辖权决定罢了。既不会出现仲裁委“难以或无法”做出决定，也不会出现仲裁委的决定和仲裁庭“自相矛盾”的情况。
《仲裁法》第二十条
当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。
法律依据：《仲裁法》第二十条
当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。
