根据《商标法》第五十三条的规定，有《商标法》第五十二条所列侵犯注册商标专用权行为之一的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标志的工具，并可处以罚款。由此，一些办案人员认为，侵权商品在被没收后一律要销毁。
但是国家工商总局在《关于应该理解〈商标法〉第五十三条有关规定问题的答复》中明确指出：“《商标法》第五十三条中的‘销毁’应为处理被没收的商标侵权商品的一种形式，但并非唯一形式。对依法予以没收的商标侵权商品，如具有使用价值且侵权商标与商品可以分离的，可以采取‘销毁’以外的其他处理形式加以处置。”
一般情况下，可以采取以下四种形式处理没收商标侵权商品：
一、由被侵权方收购
根据《知识产权海关保护条例》第二十七条第三款规定，对于被没收的侵犯知识产权货物，知识产权权利人有收购意愿的，海关可以有偿转让给知识产权权利人。没收侵权商品后，办案机构先征求被侵权方的意见，若其有收购的意愿，可通知其提交书面申请报告，经办案机关负责人批准后，可以有偿转让给被侵权方。转让前，办案机构应当委托具有法定资质的价格鉴证机构进行价格评估，转让价不得低于评估鉴定的保留价(底价)，具体转让价由办案机构、被侵权方协商确定。
二、拍(变)卖
被侵权方无收购侵权商品意愿的，可以委托拍卖机构进行公开拍卖(鲜活易腐、无使用价值、不允许上市的商品除外)。属于国家专营专卖的，交由专管部门收购。无法拍卖或者流拍的，可以将侵权商品交有资质的单位进行收购或者变卖。需要注意的是，侵权商品在拍(变)卖前，办案机构应当清除侵权商品上的商标标志，并严格审查竞(购)买人的资格。
三、用于社会公益事业
对那些具有使用价值但被侵权方无收购意愿且无法拍(变)卖的侵权商品，可以用于社会公益事业，救济困难群体，如捐赠给民政部门、红十字会、福利院、贫困山区、受灾地区等。
四、销毁
商标侵权商品的销毁主要有两种情形：
1.采取上述几种形式仍然无法处理的侵权商品，应当予以销毁。这样既防止因侵权商品处理这一环节未最终完成而导致整个案件无法及时结案归档，又避免侵权商品长期占用涉案财物仓库。
2.经法定检验机构检验或者明显属于危害人体健康、存在重大安全隐患、威胁公共安全、破坏环境资源的侵权商品，应当坚决彻底地销毁，以防止危害后果的产生。销毁侵权商品时，被侵权方应当提供必要的协助。
总之，不论采取何种形式处理侵权商品，办案机构均要制作国家工商总局统一制定的物品处理记录，连同相关的物品处理单据、照片等放入案件原始档案中备查。同时，还要注意把握好物品处理的时机，原则上应当在法定的行政复议(行政诉讼)期限届满后再进行处理。依照《行政复议法》和《商标法》的规定，商标侵权案件的复议期是60日，诉讼期是15日，因此，宜选择在当事人收到《行政处罚决定书》之日起60日后对没收的侵权商品进行处理。
