一、村委会是国家机关吗？
村委会是基层群众性自治组织，不是国家基层政权组织，不是一级政府，也不是政府的派出机关。因此，乡镇政府与村委会的关系，不能简单地照搬上下级政府之间的关系，必须与村委会的性质相适应，必须有利于村民自治的落实，有利于农村民主政治建设。根据本条的规定，乡镇政府与村委会的关系，应当把握以下几点：
乡镇政府与村委会不是领导关系
关于乡镇政府与村委会是否应规定为领导关系，在立法过程中一直存在较大分歧意见。
一种意见主张规定为领导关系，理由是：
(1)乡镇政府的许多工作必须依靠村委会办理，不是领导关系，村委会可能不听从指挥，乡镇政府的工作就无人落实。
(2)领导关系与村民自治并不矛盾，民族区域自治也是自治，但上级政府与民族自治地方的政府也是领导关系。
(3)现实中一直是领导关系，不应改变。
另一种意见认为不能规定为领导关系，理由是：
(1)村委会是基层群众性自治组织，不是乡镇政府的下级，村委会干部不是国家公务员，不拿国家工资，他们的补贴是村民给的，乡镇政府与村委会不是上下级关系，那当然也就不存在领导关系。
(2)基层群众自治与民族区域自治不同，民族区域自治是政权性自治，民族自治地方的政府仍然是一级政府，负有执行国家法律、法规和上级政府的各项指示、命令的义务，因此必须接受上级政府的领导；而村委会是群众性自治组织，只负有遵守和宣传国家法律、法规和政府的各项指示、命令的义务，没有具体执行的义务，因此不存在需要受政府领导的问题。
(3)领导关系就意味着乡镇政府可以任命和撤换村委会干部，可以改变、撤销村委会作出的决定，可以命令村委会办理各种各样的政府工作，也可以将属于村民自治范围内的事项收到政府手里来办，照此办理，村民自治就无从谈起。
(4)至于有的同志提出，现在乡镇干部少、任务重，很多工作都得通过村委会才能得以落实，不规定领导关系，乡镇政府没有了村委会这个“腿”，工作就很难开展。应当说，这种忧虑是不无道理的，特别是有些乡镇管辖的范围比较大，管理上确实存在着许多困难。但解决这些问题绝不能以牺牲群众自治为代价。解决的途径，一是要使乡镇政府的干部队伍更加精干；二是要把一些规模偏大的乡镇区划适当划小；三是要转变工作方法和工作作风，改变一些乡镇基层干部存在的机关化、官僚化的现象，提高办事效率。基层，顾名思义，就是最低的一层。乡镇作为基层政府，就是各级政府的最低一级，下面没有也不应当再有什么“腿”。乡镇政府的主要任务，就是把各项具体行政工作直接地落实到千家万户，这与中央和省、自治区、直辖市不同。中央和省、自治区、直辖市政府的主要任务是制定政策。因此，其工作方法主要是搞调查、发文件、下指示，然后通过乡镇政府(还有市县政府)的工作具体落实到千家万户。但我们现在很多乡镇干部却不习惯于具体办理各项行政事务，而习惯于坐在屋里发文件、打电话、下指示，让村委会去办理各项行政事务，机关化、官僚化现象十分严重，这与基层干部这一性质是极其不相称的。这种状况必须尽快改变。在此基础上，村委会也要通过宣传政府的各项规定，说服、动员群众自觉地履行各项应尽的义务等办法，来协助乡镇政府的工作。
立法机关经过反复研究，认为第二种意见符合村委会的性质，有利于村民自治和基层民主政治建设。因此，将乡镇政府与村委会的关系规定为指导关系，而不是领导关系。
乡镇政府对村委会的工作应当给予指导、支持和帮助
实行村民自治，发展基层民主，是宪法和法律规定的。保证宪法和法律在本行政区域内的贯彻执行，是乡镇政府的应尽职责。因此，乡镇政府与村委会虽然不是领导关系，但仍然必须对村委会的工作给予指导、支持和帮助。指导，就是对村委会如何依法开展自治活动给予引导。指导就不能强迫命令，只能通过培训、宣传、说服、动员等方式引导村委会在法律的范围内积极开展自治活动。支持和帮助，就是对村委会依法开展自治活动给予尊重和肯定，对村委会在工作中遇到的各种阻力和困难帮助协调解决，在物质等各方面提供援助，等等。
乡镇政府对村委会的工作要给予指导、支持和帮助是一项法定职责，不能不给予指导、支持和帮助；同时，村委会也有义务接受乡镇政府的指导、支持和帮助，不能拒绝乡镇政府符合法律规定的指导、支持和帮助。如果乡镇政府假借指导、支持和帮助之名，行非法干预自治之实，村委会则有权予以抵制和拒绝。
乡镇政府不得干预依法属于村民自治范围内的事项
村委会是群众自治组织，凡依法属于自治范围内的事项，哪些要办、哪些不办，哪些先办、哪些后办，是这么办还是那么办，都应当由村民自己讨论决定，乡镇政府不得干预。所谓不得干预，就是对依法属于村民自治范围的事项，乡镇政府既不能强迫也不能包办，但可以指导，包括宣传、说明、解释、说服、动员等等。依法属于自治范围内的事项有哪些一是根据依法行政原则，凡是政府的职权，必须要有法律、法规的明确规定。法律、法规规定的政府职权，既是政府必须履行的义务，又是政府行使职权的界限，超越这个界限就是越权。二是村委会组织法有若干条文对自治范围的事项作了规定，村自治组织在这些范围内的事项作出决定，乡镇政府都不得干预。
村委会应当协助乡镇政府开展工作
村委会是基层群众性自治组织，不是乡镇政府的派出机关或者它的一条“腿”。因此，村委会不能代替政府行使职权，也不能包办政府事务。但是，由于公民有遵守法律和服从政府管理的义务，因此，村委会作为群众性自治组织，也有责任协助政府开展工作，这也是自治的一项重要内容。
村委会协助乡镇政府开展工作，是指协助与本村有关的、属于乡镇政府职责范围内的各项工作，包括环境与资源保护、土地管理、公共卫生、治安保卫、计划生育、优抚救济、税收、粮食收购等等。协助的主要形式是宣传、教育、动员、提供情况等，一般不直接办理。必要时，可以受乡镇政府的委托，代表乡镇政府办理有关政府事宜。村委会受委托办理的政府事宜，属于政府的具体行政行为，应由委托的乡镇政府承担责任。