律师分析：
1、参保对象不同农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民。2、保障期限不同农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。但社保缴费期又不仅限于15年，到底要交多少年比较好呢？推荐阅读这篇文章《好纠结！社保到底要交15年还是25年？》3、报销比例不同农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高。4、有无个人医保账户农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。5、覆盖人群不同农村医保只有农民才可以参加，社保是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。乡镇企业以及职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员也要纳入基本医疗保险范围内。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
