原因：这种情况一般是因为发票管理不善或安全措施不力，造成发票丢失或被盗而造成。
处理：购票单位应于事发当日书面报告国税机关，报告材料要写明专用发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，并通过国税机关在《中国税务报上》刊登“遗失申明”。使用防伪税控系统开票的一般纳税人，还应持IC卡到国税机关办理电子发票退回手续。
处罚：此种情况可能会受到税务机关的处罚。
预防：购票单位应完善发票管理制度，加强发票管理，同时采取必要的安全措施，保证发票安全;税务机关在出现这种情况后，也会加强对购票单位发票管理的监督。
2、发票开出后才丢失的处理
(1)发票开出未认证
①丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联到主管税务机关(正常)认证，将专用发票抵扣联作为记账凭证，并用专用发票抵扣联复印件留存备查。开票方和税局无需特殊处理。
②丢失抵扣联的处理：可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，将专用发票发票联作为记账凭证，专用发票发票联复印件留存备查。无需开票单位作任何处理，税局在认证时以发票联作为抵扣认证依据。
③丢失发票联和抵扣联的处理：购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;再由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
④丢失记账联的处理：(此情况条文中未作明确，此处为个人作法)如果发票开出后尚未寄出，可(开票单位)将发票的发票联复印，作为记账凭证;若已寄出，则从金税卡中重新打印一次，作为记账凭证。无需税局和收票单位作任何处理。
⑤丢失全联次处理：(此情况条文中未作明确，此处为个人作法)结合③和④的处理方式合并进行处理。
(2)发票开出已认证
①丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联作记账凭证，使用专用发票抵扣联复印件留存备查，其他无需作单独处理。
②丢失抵扣联的处理：使用专用发票发票联复印件留存备查，其他无需作单独处理。
③丢失发票联和抵扣联的处理：开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;再由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
④丢失记账联的处理：(此情况条文中未作明确，此处为个人作法)如果发票开出后尚未寄出，可(开票单位)将发票的发票联复印，作为记账凭证;若已寄出，则从金税卡中重新打印一次，作为记账凭证。无需税局和收票单位作任何处理。
⑤丢失全联次处理：(此情况条文中未作明确，此处为个人作法)结合③和④的处理方式合并进行处理。
处罚：无处罚。
预防：开票方和收票方-应完善发票管理和保管传递制度，保证发票在各个范围内不遗失;选择适当的发票传递方式，如专门送达或其他安全的邮递方式进行传送，并及时跟踪，保证发票在传递过程中的安全。
