法律分析：1、《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)第二项规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
第三项规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。
根据上述规定，对于合伙企业，以每一个合伙人为纳税人，合伙人为自然人的，缴纳个人所得税;合伙人为法人的，缴纳企业所得税。合伙企业采取“先分后税”的原则，在年末按各自分配比例分别确定各合伙人的应纳税所得额，再按各自适用的办法计算缴纳个人所得税或企业所得税。合伙企业不负有代扣代缴义务。
2、《国家税务总局关于印发〈个人所得税全员全额扣缴申报管理暂行办法〉的通知》(国税发[2005]205号)第二条规定，扣缴义务人必须依法履行个人所得税全员全额扣缴申报义务。
第三条规定，本办法所称个人所得税全员全额扣缴申报(以下简称扣缴申报)，是指扣缴义务人向个人支付应税所得时，不论其是否属于本单位人员、支付的应税所得是否达到纳税标准，扣缴义务人应当在代扣税款的次月内，向主管税务机关报送其支付应税所得个人(以下简称个人)的基本信息、支付所得项目和数额、扣缴税款数额以及其他相关涉税信息。
本办法所称扣缴义务人，是指向个人支付应税所得的单位和个人。
第四条规定，实行个人所得税全员全额扣缴申报的应税所得包括：
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)利息、股息、红利所得;
(六)财产租赁所得;
(七)财产转让所得;
(八)偶然所得;
(九)经国务院财政部门确定征税的其他所得。
《财政部、国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》(财税[2000]91号)第二十条规定，投资者应向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税。投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，并将个人所得税申报表抄送投资者。
投资者兴办两个或两个以上企业的，应分别向企业实际经营管理所在地主管税务机关预缴税款。年度终了后办理汇算清缴时，区别不同情况分别处理：
(一)投资者兴办的企业全部是个人独资性质的，分别向各企业的实际经营管理所在地主管税务机关办理年度纳税申报，并依所有企业的经营所得总额确定适用税率，以本企业的经营所得为基础，计算应缴税款，办理汇算清缴;
(二)投资者兴办的企业中含有合伙性质的，投资者应向经常居住地主管税务机关申报纳税，办理汇算清缴，但经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致的，应选定其参与兴办的某一合伙企业的经营管理所在地为办理年度汇算清缴所在地，并在5年内不得变更。5年后需要变更的，须经原主管税务机关批准。
上述扣缴申报办法中应税所得范围不包括个体工商户的生产、经营所得(合伙企业类同)，对企事业单位的承包经营、承租经营所得。对取得上述所得的单位和个人没有法定的扣缴义务人。
因此，合伙企业中自然人合伙人为个人所得税纳税人，而合伙企业并不是扣缴义务人。财税[2000]91号文件第二十条规定，由合伙企业申报缴纳投资者的个人所得税，是出于方便征管的需要，但不能视为代扣代缴，该条款要求投资者向主管税务机关申报纳税。因此，合伙企业只是代为申报缴纳。
