以补充合同为准;因为补充合同可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了,不过这个约定一定要双方提前明确约定,不能优柔寡断,补充合同中一般都会在尾部写明原合同与本补充合同不一致的,以补充协议为准;补充合同的拟定需要注意几个必备信息,一是双方当事人的基本信息需全面具体;二是说明拟定补充协议的原因;三是协议补充的内容或变更的内容。
【本文关联的相关法律依据】
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定:“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的,应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。