处理方式如下：
1.原认定犯罪事实清楚，证据不够充分的，应当在补充证据后，制作补充侦查报告书，移送人民检察院审查;对无法补充的证据，应当作出说明。
2.在补充侦查过程中，发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作起诉意见书，移送人民检察院审查。
3.发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的人民检察院。
4.原认定犯罪事实清楚，证据确实、充分，人民检察院退回补充侦查不当的，应当说明理由，移送人民检察院审查。
什么情况会退回公安机关补充侦查
以下情形会退回公安机关补充侦查：1、主要犯罪事实不清、主要证据之间存在矛盾的;2、犯罪构成要件欠缺的;3、主要情节未予查实的;4、遗漏重要犯罪事实及应追究刑事责任的同案犯罪嫌疑人的;5、其他对定罪量刑有重要意义的事实尚未查清的。
刑事案件公安机关怎么侦查
公安机关对已经立案的刑事案件，应当及时进行侦查，全面、客观地收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。公安机关经过侦查，对有证据证明有犯罪事实的案件，应当进行预审，对收集、调取的证据材料的真实性、合法性及证明力予以审查、核实。公安机关侦查犯罪，应当严格依照法律规定的条件和程序采取强制措施和侦查措施，严禁在没有证据的情况下，仅凭怀疑就对犯罪嫌疑人采取强制措施和侦查措施。
退回补充侦查公安不报送案件如何规定的
根据《刑事诉讼法》第一百四十条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
刑事案件的侦查由公安机关进行吗
刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
不予批捕直诉的案件退回公安机关合法吗
不予批捕直诉的案件退回公安机关是合理的。
