职工怀孕后,用人单位非法克扣劳动者的薪资,劳动者可以到用人单位所在地的劳动监察部门进行投诉,也可以到用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。《劳动合同法》第三十条用人单位应当按照劳动合同约定和国家规章,向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的,劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令,人民法院应当依法发出支付令。第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明,并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定,办理工作交接。用人单位依照本法有关规章应当向劳动者支付经济补偿的,在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本,至少保存二年备查。第八十五条用人单位有下列情形之一的,由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低薪资标准的,应当支付其差额部分;逾期不支付的,责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金:(一)未按照劳动合同的约定或者国家规章及时足额支付劳动者劳动报酬的;(二)低于当地最低薪资标准支付劳动者薪资的;(三)安排加班不支付加班费的;(四)解除或者终止劳动合同,未依照本法规章向劳动者支付经济补偿的。第七十七条劳动者合法权益受到侵害的,有权要求有关部门依法处置,或者依法申请仲裁、提起诉讼。