一、原通过认证的蓝字发票的处理
《国家税务总局关于推行增值税发票系统升级版有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第73号)第四条规定，《开具红字增值税专用发票信息表》或《开具红字货物运输业增值税专用发票信息表》(以下统称《信息表》)所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证(所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的除外)。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，购买方在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出;未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证;经认证结果为“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”，以及所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的，购买方不列入进项税额，不作进项税额转出，填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
因此，完成认证后开具红字发票，可以分两种情况进行处理：
1.如果申请开具红字发票时企业已经申报抵扣了进项税额，企业应直接进行进项税额转出。因为经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，购买方必须将已申报抵扣的进项税额暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出。
2.如果申请开具红字发票时企业未申报抵扣进项税额，企业应先申报抵扣进项税额并同时转出。比如购买方在开票当月完成认证且申请开具红字发票，或购买方为外贸企业(其进项税额计入待抵扣进项税额)，纳税人未申报抵扣该进项税额，申报时可将该进项税额列入当期进项税额，同时暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出。
上述两种情况的进项转出填写在《增值税纳税申报表附列资料(表二)》第20栏“本期进项转出额—其中：红字专用发票通知单注明的进项税额”。
二、收到红字发票时的处理
《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》(国税发〔2007〕18号)规定，红字专用发票暂不报送税务机关认证。
根据国家税务总局公告2014年第73号规定，对于认证结果为“认证相符”的，购买方在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，但必须进行进项抵扣并做转出处理。
所以，此种情况下，企业在收到红字发票时无需进行认证(否则因为红字发票以负数开具会造成重复转出)，只需将红字发票与留存的《信息表》一并作为进项转出的会计凭证。
