一、加班时间的认定
(一)标准工时制下，计算每月正常工作日工资时应以21.75天为基数，计算加班时间时应以20.83天为基数，实践中，以21.75天为基数有误。
根据新修改的《全国年节及纪念日放假办法》(国务院令第513号)的规定，全体公民的节日假期为11天，即新年(元旦)1天，春节3天，清明节1天，劳动节1天，端午节1天，中秋节1天，国庆节3天。据此，全年工作日为365天-104天休息日-11天法定节假日=250天。季工作日为250÷4=62.5天。月工作日为250÷12=20.83天。但是，由于法定节假日为有薪日，每月工资数额已包括了法定节假日的工资，计算加班工资基数即正常工作日工资时应将法定节假日计入，所以，计算加班工资基数的月工作日应为21.75天[(365天-104天休息日)÷12]，而不是20.83天。
比如，小李月基本工资为3000元，每月平均工作26天，其一年休息日加班工资是否为3000÷21.75×(26-20.83)×12个月×200%。
(二)非标准工作时间下加班时间的认定
非标准工作时间指的是国家标准工作时间以外的工时制度。大体有以下几种：用人单位对正常工作时间适当调整的工时制度、综合计算工时工作制以及不定时工作制。
1、用人单位对正常工作时间适当调整的工时制度下加班时间应以每周超过40小时的时间作为加班时间。
用人单位对正常工作时间适当调整的工时制度一般有以下几种情况：
第一，对休息日进行调整，安排周末工作，平时安排休息。
第二，每周每天均要工作，但是，每天工作时间少于8小时。
笔者认为，以上对正常工作时间适当调整的工时制度是否合法，应看每周工作时间是否超过40小时。如果超过，又不算作加班时间的，则属违法。
2、综合计算工时工作制加班时间的认定。
综合计算工时工作制指针对因工作性质特殊，需要连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分员工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
综合计算工时工作制其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。也就是说，在综合计算周期内，某一具体日(或周)的实际工作时间可以超过8小时(或40小时)，但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，应按照150%的标准支付加班工作。另外，如果法定节假日工作的，不管整个周期内的工作时间总和是否超过总法定标准工作时间，仍应按照300%的标准支付加班工资。
3、不定时工作制加班时间的认定。
不定时工作制是针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或机动作业的职工所采用的每日没有固定工作时数的一种工时制度。对于实行不定时工作制的劳动者，企业应当根据标准工时制度合理确定劳动者的劳动定额或其他考核标准，以便安排劳动者休息。不定时工作制并非对工作时间毫无限制，而是基本上按照标准工作时间执行。但是，在特别需要的情况下，其工作时间超过标准工作时间的长度，可以不受限制，且超出部分也不算延长工作时间，不给予加班工资。
另外，需注意的是，综合计算工时工作制以及不定时工作制均需劳动部门审批后才可以实施，如果没有经过审批，用人单位自行规定的或双方约定的均无效，视为标准工时制，按标准工时制计付加班工资。
二、加班事实的认定
加班的事实一般根据考勤记录确定，在延长工作时间内工作就可以认定属于加班。但是，是否在延长工作时间工作的事实都可以认定为加班，则需要具体分析，不能一概而论，具体而言，存在以下几个问题存在争议，需要研究。
1、有效加班约定的效力问题?
有些企业规定或者双方约定，加班必须报经领导批准，未经领导批准的加班无效，用人单位不支付加班工资。这种规定或约定是否有效存在争议，这种约定或规定如果经过民主程序制定并向劳动者公示的，是有效的。因为根据《劳动法》第四十四条规定，用人单位“安排”劳动者加班的，支付不低于150%、200%、300%的加班工资，这里规定用人单位支付加班工资的前提是用人单位“安排”的加班，如果劳动者未在单位统一安排下私自加班，用人单位可以不支付加班工资。
2、单位在非工作时间安排的其他活动是否属于加班?
如周末搞了体育比赛，晚上安排宴请客户或者安排外出旅游等等?除非劳动者有证据证明用人单位强迫其参加，否则，不应认定为加班。
3、单位安排的临时值班是否属于加班?
值班是指用人单位因安全、消防、假日等需要，临时安排或者根据制度安排与劳动者本职无关的工作;或虽与劳动者本职工作有关，但值班期间可以休息，一般为非生产性的责任，如看门、接听电话等。此种情形下，劳动者只可要求用人单位按照规章制度、劳动合同或者惯例等支付相应的待遇。其与加班在工作的内容和目的、工作的强度、执行的规章制度及可否休息方面存在不同。认定加班还是值班，主要是看劳动者是否继续在原来的岗位上工作，或是否有生产或经营任务。劳动者就值班要求加班工资的，原则上不应支持。
4、在安排补休的情况下，安排劳动者在法定节假日工作是否属于加班，仍需支付加班工资?
《劳动法》第四十四条规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬;法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。所以，即使用人单位安排的补休，仍需支付法定节假日的加班工资。同理，在综合计算工时工作制下，用人单位安排劳动者加班的，仍需支付法定节假日加班工资。在北京地方，不定时工作制，用人单位无需支付法定节假日加班工资。
5、特殊用工形式下的加班认定
(1)机关事业单位工作人员
《公务员法》规定公务员加班的，可以安排补休，没有规定需支付加班工资，公务员又不适用《劳动法》，所以，公务员加班，无权要求加班工资。
(2)小时工
小时工应看双方是否形成了劳动关系。对于非全日制用工，属于劳动关系，双方一般明确约定了工作时间，如果超过约定的工作时间工作又不能折抵其他工作时间的，应支付加班工资。对于临时聘请的小时工，即所谓“钟点工”，双方并没有明确约定工作时间的，只是约定每小时的工作报酬，以完成一定的工作任务后的实际工作时间计算劳动报酬。这种“钟点工”关系双方形成的是劳务关系，而非劳动关系，所以，不受《劳动法》的调整，超过以外的工作时间无须支付加班工资。
(3)劳务派遣用工
《劳动合同法》第六十二条规定了用工单位支付加班费的义务，所以，劳务派遣用工形式下，如果劳动者存在加班的，用工单位须支付加班费，派遣单位无须支付加班费。
三、加班工资计算基数的认定和计算
根据“约定优于法定”的原则，用人单位、工会以及职工代表集体协商确定加班工资计算基数应当优先法定的“标准工资”适用。在没有约定下认定加班工资计算基数时，首先要将不属于工资的项目排除，如用人单位给付的饮料费、集体福利费、职工上下班交通补助费、探亲路费、取暖补贴、生活困难补助;其次工资包括季度奖、半年奖、年终奖、年底双薪以及按照季度、半年、年结算的业务提成等。
四、加班工资的举证责任(重点部分)
1、加班时间的举证责任
最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(三)》第九条规定，劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。如果用人单位举不出证据证明劳动者的实际工作时间，则一般以用人单位举证不能为由采信劳动者关于加班时间的主张，如果劳动者主张明显超出合理范畴，则法院酌情予以调整。
2、加班时间真实性的认定问题
很多用人单位不是没有考勤记录，而是电子考勤，或者是打卡考勤没有劳动者签名，劳动者对此一概不认。由于电子考勤记录容易被修改，用人单位不能举证证明系电脑原始生成，所以，一般并不采信电子考勤记录。同样，对于没有劳动者签名(签劳动者名字的为公司管理人员)的打卡考勤记录，也存在伪造的可能，一般也不予采信。
电子考勤是一个普遍现象，是现代化管理的一个表现，应当得到法律的承认，但由于电子考勤记录又的确存在伪造的可能，故对于电子考勤记录的证明标准不宜过高，不需要达到确实充分的程度，如果有其他证据证明电子考勤记录上的某条记录是真实的，比如劳动者某一天请假没有来上班，用人单位提交了请假条，电子考勤记录也显示这一天没有考勤记录，如果存在相当多的考勤记录可以与其他证据相互印证，则可以采信电子考勤记录的真实性。
3、关于加班工资举证责任分配的一些看法
当事人因加班工资支付发生争议的，举证责任可作如下分配：
(1)用人单位应就劳动者已领取加班工资的情况进行举证。
(2)用人单位延期支付加班工资，劳动者主张用人单位系无故拖欠工资的，用人单位应就延期支付加班工资的原因进行举证。
(3)劳动者主张作为加班工资计算基数的工资标准高于劳动合同约定或已实际领取的工资数额的，劳动者应就其主张的工资标准举证。
(4)因用人单位减少劳动报酬发生争议，由用人单位负举证责任。
(5)劳动者主张加班工资，应当就加班事实的存在承担举证责任。用人单位否认有加班的，用人单位应对劳动者正常上班的事实负举证责任;用人单位以已经劳动者确认的电子考勤记录证明劳动者未加班的，对用人单位的电子考勤记录应予采信;用人单位不能就劳动者正常上班时间举证的，应采信劳动者主张的加班时间，但劳动者主张明显超出合理范围的应作出相应的调整。用人单位考勤记录虽无劳动者签名，但有其他证据(如工资支付资料、请假条、出差记录等)相佐证的，可作为认定劳动者工作时间的证据。
(6)劳动者主张用人单位拖欠、克扣加班工资的，用人单位应对劳动者申请劳动仲裁之日两年内的工资支付表承担举证责任，但劳动者有证据证明其在申请劳动仲裁前已向用人单位主张过权利的，用人单位应对劳动者首次主张权利之日两年内的工资支付表承担举证责任。上款所称的工资支付表应包括支付单位名称、工资计发时段、发放时间、员工姓名、正常工作时间、加班时间、标准工资以及加班工资等应发项目以及扣除的项目、金额及工资帐号等记录。
五、加班工资的追索时效问题
1、应正确理解关于加班工资的仲裁时效的法律规定。
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，对于加班工资适用特别仲裁时效，劳动者主张加班工资的时效从劳动关系解除或终止之日起计算，不从应发工资之日起计算。实践中认为加班工资适用2年诉讼时效的做法有误。如果劳动关系存续期间用人单位明确拒绝支付加班工资的，则加班工资申请仲裁时效从拒付之日起计算。
加班工资属于“劳动报酬”，适用特殊仲裁时效，劳动者在职期间或劳动关系终止后一年内提出加班工资的请求都是符合仲裁时效规定的。在劳动关系终止或解除一年之后，劳动者逾期提出加班工资主张的，才受到仲裁时效限制。
2、关于工资支付凭证保存期为两年的规定，不能简单地理解为限制劳动者主张加班工资的诉讼时效。
原劳动部《工资支付暂行规定》第六条规定，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。根据工资支付凭证保存期为两年的规定，用人单位在这一保存期限内负有保存义务。用人单位履行了保存工资凭证义务，仅表明用人单位完全履行了保存期限内工资凭证所证明的已支付相应劳动报酬这一事实。而在此两年期间之前或之后的工资支付义务(而不是保存义务)并不能当然免责。事实上，关于工资凭证在内的财务凭证，财政部1998年颁布的《会计档案管理办法》规定了至少3年最长25年的保管期限。