合作医疗异地就医可以报销，但需要提前进行异地备案。
1、异地备案：长期异地工作或居住人员可以填写医保异地工作、居住人员可在线下备案，携带好相关材料前往参保地医保经办机构办理备案手续即可，比如异地安置退休人员一般需准备好安置地的户口、身份证、社保卡；异地长期居住人员一般需准备好居住地的有效居住证明、身份证、社保卡，具体所需材料以当地社保中心规定为准；
2、备案完成：被保险人即可跨省异地就医，但必须是在医保定点医疗机构就医，因此而产生的医疗费用，可直接凭借医保卡在联网医疗机构、药店刷卡结算了，如果是需要住院救治的，同样携带资料到转诊医院就医。
3、出院后，异地就医的患者可以直接进行结算，如果没有直接结算的，则需要回本地进行报销。但是报销比例会有所降低。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。 新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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