法律分析：一、闯红灯两次扣12分怎样处理
1、机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证；
2、机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习；
3、机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试；
4、考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试；
5、拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。
6、参加学习考试的流程：
（1）违法记分满12分(含)的驾驶员，到交警大队各中队或机动车管理所开具违法交通管理满分通知书。
（2）持该通知书到安全教育学校进行学习，学习完毕后，核发学习卡，约考（学习报名时须带，近期一寸彩照一张）。
（3）交警大队车管所对已办理约考手续的驾驶员进行考试，合格者办理销分手续，取回驾驶证，若驾驶证被扣在交警中队，凭考试合格通知书到驾驶证被扣交警中队领取驾驶证。
法律依据：《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十六条对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，处罚与记分同时执行。机动车驾驶人一次有两个以上违法行为记分的，应当分别计算，累加分值。
