法律分析:
如果合同中约定了年终奖的,员工离职公司扣了年终奖,可以申请仲裁。法律虽未规定公司一定要支付年终奖,但当公司规章制度规定或合同约定存在年终奖,则支付年终奖变成一项约定义务,对公司有约束力。
法律依据:《《中华人民共和国劳动合同法》》第八十五条_x000D_
【未依法支付劳动报酬、经济补偿等的法律责任】用人单位有下列情形之一的,由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的,应当支付其差额部分;逾期不支付的,责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金:_x000D_
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;_x000D_
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;_x000D_
(三)安排加班不支付加班费的;_x000D_
(四)解除或者终止劳动合同,未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。