醉驾案件中存疑不起诉驾驶证也有可能会被吊销，存疑不起说明司法机关缺乏犯罪嫌疑人构成醉驾的证据，但是酒精测量仪如果能证明驾驶员当时已经构成了酒驾的话，按照规定，构成酒驾也是会暂扣6个月的机动车驾驶证的，之前有酒驾记录的话，就是吊销驾照。
存疑不起诉的话驾驶证有可能会被吊销的，没有醉驾的证据，如果有证据证明构成了酒驾的话，也一样会被吊销驾驶证的，酒后驾驶的处罚:
1、 酒后驾驶，暂扣6个月驾驶证，并处1000元以上2000元以下罚款。此前曾因酒驾被处罚，再次酒后驾驶的，处10日以下拘留，并处1000元以上2000元以下罚款，吊销驾驶证。
2、 酒后驾驶营运车辆，处15日拘留，并处5000元罚款，吊销驾驶证，5年内不得重新取得驾驶证。
二、存疑不起诉的情形
(1)据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的。
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的。
(3)证据之间的矛盾不能合理排除的。
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。
三、决定存疑不起诉注意事项
人民检察院根据上述情形作出不起诉决定后，如果发现了新的证据，证明案件符合起诉条件时，可以撤销不起诉决定，提起公诉。对于存疑不起诉应当注意的是，只有案件经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为案件事实不清、证据不足时，才可以作出不起诉决定。因此，案件经过两次补充侦查和案件事实不清证据不足，是刑事诉讼法规定的存疑不起诉的必要条件，人民检察院必须严格执行，只有这样，才能既可以防止放纵犯罪分子，又可以防止久侦不决、久押不放的现象，更好地保护公民的合法权益。
在醉驾案件中如果发生了存疑不起诉的这种状况，也必须要根据当时的情况才能分析驾驶证会不会被吊销，假如司法机关既不能证明是醉驾，也不能证明是酒驾，那就有可能是当事人从头到尾都没有违反国家的法律制度，这样交管部门就无权吊销驾驶证。
