肠镜检查医保可以报销。如果是在门诊进行的肠镜检查，那么只能用医保个人账户进行支付，而不能用医保统筹账户报销，如果医保卡个人账户里面没钱了；那么相关医疗费用只能由参保人自己支付。但是，如果是因为较重疾病住院，而必须需要进行肠镜检查，则可以用医保统筹账户报销。
医保卡的报销只限于在指定医院因疾病和部分意外所造成的住院以上的医疗费用。
一、医保报销范围包括：
1、抢救期间医疗费用
2、住院期间医疗费
3、手术材料及辅助用具
4、床位费：按当地医保标准。若因急性-脑外伤、复合性内脏损伤昏迷需住ICU(重症监护病房)者除外，但脱离危险后应立即转入普通病房
5、康复理疗费：按当地医保标准。原则上不得超过3种，医保范围以外的康复理疗不予赔偿
6、换药及康复功能指导训练：按当地医保标准结合病情需要核定
7、救护车费：按当地卫生部门及物价部门核定的标准计算
8、其他费用：按照规章的不予赔偿的费用不予赔偿
9、续医费：被保险人为提前结案，对伤者未来可确定且必须的续医费用可提前支付。必须在出院证明或诊断证明上主管医生有明确记录需要继续治疗或半年、一年后取内固定物或是定期复查或是记录了后续治疗费用，同时被保险提供的赔偿支付凭证上记录已经支付了后续费用的才可审核续医费。审核续医费根据病情需要， 对明显超出病情需要的不予赔偿。
二、医疗保险报销需要以下材料：
1、身份证；
2、医保卡;
3、定点医疗机构开具的疾病诊断证明书和门诊病历、检查、检验结果报告单;
4、医疗机构出具的收费单据和有关发票。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规章从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围:
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
