法律分析：一、确认协议无效能否调解
合同效力确认之诉是不能调解的，合同效力是根据合同本身的性质确定的。合同无效是合同不发生法律效力，不会对合同当事人产生约束的情形；合同有效是指满足合同有效条件，能够产生当事人预期法律效果的情形；合同可撤销是指存在法定可撤销事由的情形；合同效力待定是指合同的效力不确定的情形。
二、合同纠纷起诉流程是怎样的
提起合同纠纷诉讼时需准备：民事起诉状，对方身份证复印件(企业则为营业执照)，证据清单和证据材料递交起诉状应按照被告人数提出副本。
向有管辖权的法院提起民事诉讼。
人民法院在收到起诉材料后，会在七日内决定是否受理、立案。对于不予受理的，会作出裁定书;若对裁定不服的，可以提起上诉。
受理立案后，会安排时间开庭审理。适用简易程序的，人民法院会在立案之日起三个月内审结，适用普通程序的，人民法院会在立案之日起六个月内审结，有特殊情况的，经批准可以延长，并会出具延期审理通知书。
原被告双方可以在法院的组织下进行调解，由人民法院出具民事调解书。调解不成的，人民法院会依法判决并出具民事判决书;判决书中会写明判决结果和作出该判决的理由。
当事人若对判决不服的，可在收到判决书十五日内向上一级人民法院提起上诉。
三、确认合同效力纠纷案件可以调解吗
确认合同效力纠纷案件是可以进行调解的。
1、和解。
和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。和解是当事人自由选择的在自愿原则下解决台同纠纷的方式，而不是合同纠纷解决的必经程序。当事人也可以不经协商和解而直接选择其他解决纠纷的途径。
2、调解。
凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。
调解有两种方式一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。
申请行政调解的纠纷必须具备以下条件：申请人必须是与本案有直接利害关系的当事人，有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据;符合工商行政管理机关受理案件范围的规定。但已经向人民法院起诉的或者已经向仲裁机构申请裁的。从及一方要求调解另一方不同意调解的，调解申请不于受理。双方当事人接受调解达成协议的，应当制作调解协议书，当事人即应当按照调解协议书履行各自的义务。由于调解协议书不具有法律强制力，一方当事人不履行的，对方当事人不能就此请求人民法院强制执行，但可以采用其他方式来解决争议。
3、仲裁。
仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。
4、诉讼。
诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。合同纠纷经人民法院审理并作出判决后，当事人对人民法院作出的发生法律效力的判决书，调解书必须履行，拒不履行的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。
法律依据：《民事诉讼法司法解释》第一百四十三条的规定，合同效力确认的诉讼属于确认之诉，是不适用调解制度的，应由法院进行判决。
《民法典》第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。
