法律分析：
企业注销清算时，对于增值税的留抵税额（进项税额），我认为应当视存货情况分别做如下处理：
一、注销清算阶段，存货或已经抵扣了增值税进项税额的固定资产以及其他资产，按照《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）的规定，不论资产是否实际处置，均应按可变现价值或交易价格，确认资产转让所得或损失，可变现价值不同于实际交易价格，是在非持续经营的条件下，确认的是一种隐性的资产变现损益。
根据以上的理解，笔者认为，实际交易价格计提增值税销项税额，可变现价值也应当在这一非持续经营条件下计提增值税销项税额，只有这样才能保证增值税链条抵扣的完整性。《增值税暂行条例实施细则》第四条规定，单位或者个体工商户将自产、委托加工或者购进的货物分配给股东或者投资者，视同销售货物。清算阶段视同销售货物只能按照可变现价值计量，也只有这样也才可以确认清算阶段应当缴纳的增值税。
例如：某企业清算阶段，存货计税基础500万元，存货可变现价值600万元（含税），则增值税情况有两种情形：
1、增值税留抵税额50万元，则应交税费（增值税）=600÷（1＋17%）×17%-50= 37.18（万元），该应交税费作为“负债清偿损益”处理。填入《中华人民共和国企业清算所得税申报表填报说明》（国税函[2009]388号）附表二《负债清偿损益明细表》第9行“应交税费”中，“计税基础”等于“清偿金额”，“负债清偿损益”为0.
2、增值税留抵税额100万元，则应交税费——增值税＝600÷（1＋17%）×17%- 100=-12.82（万元），该应交税费同样作为“负债清偿损益”处理。只不过“清偿金额”为0，“负债清偿损益”为-12.82万元。
根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）规定：“一般纳税人注销时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。”
企业进入破产清算阶段不一定立即注销一般纳税人资格，留抵税额通过“负债清偿损益”处理，实质上将不能抵扣的进项税额视同了企业的一项成本费用，会计上不需要特别处理。另外，以可变现价值确认增值税销项税额与财税[2005]165号上述规定并不违背。
二、注销清算阶段，存货或已经抵扣了增值税进项税额的固定资产已经提前处置完毕，存货资产账面价值为0，但存在留抵税额，此税额笔者认为直接计入“负债清偿损益”处理。只不过清偿金额为0，负债清偿损益为负数。
三、账外经营产生留抵税额的情况较为复杂，一般为进货入账抵扣了进项税额，销售时不入账进行地下交易，最后企业的可变现资产价值小于企业的账面价值或计税基础，“资产清偿损益”为负数。对于这种情况，《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条规定“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任”。
既然可以定性为偷税行为，则注销清算前首先应当确认经营期间未入账的收入和增值税销项税额，因为这两项直接影响了企业清算阶段的留存收益和应交税费的账面价值和计税基础。
例如：某企业清算阶段，账面应交税费（增值税）借方余额20万元，存货账面余额为120万元，实际库存存货0元，经逐期盘查存货变动明细认定存在账外销售收入130万元。
即注销清算阶段期初报表数据调整为：
应交税费（增值税）账面价值、计税基础=130×17%－20=2.10（万元）
未分配利润调整增加额=130-120=10（万元）
存货账面价值、计税基础＝120-120=0（元）
其他应收款增加额=130×（1＋17%）= 152（万元）
如果无法盘查账外销售收入和销项税额，也可以直接按照组成计税价格计算：
销售收入=120×（1＋10%）=132（万元）
销项税额=132×17%=22.44（万元）
四、企业清算时存货和已抵扣进项税金的固定资产发生非正常损失
企业清算时应先进行资产评估、清查，对存货和已抵扣进项税金的固定资产发生非正常损失的，应根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条的规定，应作进项税额转出处理，调减增值税留抵税额。另外根据《财政部、国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税[2009]57号）规定，企业因存货盘亏、毁损、报废、被盗等原因不得从增值税销项税额中抵扣的进项税额，可以与存货损失一起在计算应纳税所得额时扣除，即清算时转出的进项税额可以增加存货的计税基础。
中国税网特约研究员 王占伟
针对上述这个业务，企业破产清算时“正常”的留抵税额可计入清算损益。

法律依据：
《中华人民共和国企业破产法》
第四十一条 人民法院受理破产申请后发生的下列费用，为破产费用：
（一）破产案件的诉讼费用；
（二）管理、变价和分配债务人财产的费用；
（三）管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用。
第四十二条 人民法院受理破产申请后发生的下列债务，为共益债务：
（一）因管理人或者债务人请求对方当事人履行双方均未履行完毕的合同所产生的债务；
（二）债务人财产受无因管理所产生的债务；
（三）因债务人不当得利所产生的债务；
（四）为债务人继续营业而应支付的劳动报酬和社会保险费用以及由此产生的其他债务；
（五）管理人或者相关人员执行职务致人损害所产生的债务；
（六）债务人财产致人损害所产生的债务。
第四十三条 破产费用和共益债务由债务人财产随时清偿。
债务人财产不足以清偿所有破产费用和共益债务的，先行清偿破产费用。
债务人财产不足以清偿所有破产费用或者共益债务的，按照比例清偿。
债务人财产不足以清偿破产费用的，管理人应当提请人民法院终结破产程序。人民法院应当自收到请求之日起十五日内裁定终结破产程序，并予以公告。