法律分析：一、第三方合作协议有法律效力吗
第三方合作协议有法律效力。签订三方合同时，如果当事人有民事行为能力，是其真实意思表示，没有违反法律强制性规定和公序良俗的，具有法律效力。
二、合作协议期限可以永久吗
合作协议期限可以永久，合同或协议，原则上是没有时限的，在合同上应该注明出现什么情况合同终止，否则终身有效，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
《民法典》第五百零九条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。
三、合作协议可以申请劳动仲裁吗
合作协议中的当事人不存在劳动关系，一般不能申请劳动仲裁。申请劳动仲裁的条件：用人单位与劳动者存在劳动关系；申请仲裁的争议属于劳动争议；向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁；申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算；其他。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
1.行为人具有相应的民事行为能力;
2.意思表示真实;
3.不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
